Base-resolution models of transcription-factor binding reveal soft motif syntax

The arrangement (syntax) of transcription factor (TF) binding motifs is an important part of the cis-regulatory code, yet remains elusive. We introduce a deep learning model, BPNet, that uses DNA sequence to predict base-resolution chromatin immunoprecipitation (ChIP)–nexus binding profiles of pluri...

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Bibliographische Detailangaben
Veröffentlicht in:Nature genetics 2021-03, Vol.53 (3), p.354-366
Hauptverfasser: Avsec, Žiga, Weilert, Melanie, Shrikumar, Avanti, Krueger, Sabrina, Alexandari, Amr, Dalal, Khyati, Fropf, Robin, McAnany, Charles, Gagneur, Julien, Kundaje, Anshul, Zeitlinger, Julia
Format: Artikel
Sprache:eng
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