肾形肾状线虫个体间rDNA内转录间隔区的变异

利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis,RN）种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因（rDNA）内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列进行PCR扩增及序列变异分析。结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ（RN_VAR1）和变异类型Ⅱ（RN_VAR2）。基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列。经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705-712bp,鸟嘌呤和胞嘧啶（guanine and cytosine content,GC）含量为45.1%-46.7%;变异类型Ⅱ序列长度为854-860bp,GC含量为48.4%-50.0%。2种类型的ITS相似度（包括5.8SRNA基因）仅为62.1%-65.6%,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9%-100%;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4%-99.8%。系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来。经实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qPCR）检测发现RN_VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56%和40%。同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18SRNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型。