基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱

基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱

S565.4; 甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值.为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对SNP集合进行筛选,得到了能够高效鉴定油菜种质的核心SNP位点组合,构建了DNA指纹图谱.该套核心位点组合包括897个位点,其MAF、PIC的平均值分别为0.41、0.474.使用该套SNP位点组合进行品种区分,每两个材料之间的差异位点数目90％为357～508.对核心SNP位点进行精简,最少用17个SNP标记可完全鉴定该套种质.本研究使用高质量的油菜重...

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Veröffentlicht in:中国油料作物学报 2022, Vol.44 (5), p.966-972
Hauptverfasser: 王升博, 黄一鸣, 梁聪园, 王静, 杨庆勇
Format: Artikel
Sprache:chi
Online-Zugang:Volltext
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Beschreibung
Zusammenfassung:S565.4; 甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值.为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对SNP集合进行筛选,得到了能够高效鉴定油菜种质的核心SNP位点组合,构建了DNA指纹图谱.该套核心位点组合包括897个位点,其MAF、PIC的平均值分别为0.41、0.474.使用该套SNP位点组合进行品种区分,每两个材料之间的差异位点数目90％为357～508.对核心SNP位点进行精简,最少用17个SNP标记可完全鉴定该套种质.本研究使用高质量的油菜重测序数据,筛选出了897个核心SNP位点,并利用该套核心SNP组合构建了油菜的特征指纹图谱,为油菜遗传多样性分析、品种鉴定以及种质管理提供数据参考.
ISSN:1007-9084
DOI:10.19802/j.issn.1007-9084.2021234