全基因组测序预测深圳市耐多药结核分枝杆菌的耐药性分析

目的 通过全基因组测序技术分析深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药性检测情况,为MDR-TB患者的治疗及防控提供科学依据.方法 选取2013-2017年存储于深圳市慢性病防治中心结核病实验室并成功复苏的420株MDR-MTB临床分离株,对其提取DNA后进行全基因组测序.使用内部Perl脚本分析原始数据,参考MTB耐药基因数据库、耐药决定突变数据库及无害突变数据库确定相关基因突变以判断菌株对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、氟喹诺酮类、吡嗪酰胺、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素、利奈唑胺、贝达喹啉和氯法齐明的耐药情况,同时绘制菌株耐药情况弦图,以及准广泛耐药MTB(pre-XDR-MTB)及XDR-MTB菌株耐药情况热图.结果 全基因组测序从420株菌株中检出23株XDR-MTB菌株(5.48％)和97株pre-XDR-TB菌株(23.10％);其中,所有菌株除对异烟肼、利福平全部耐药外,对链霉素的耐药率最高,达67.86％(285/420),其次为乙胺丁醇(66.19％,278/420)、氟喹诺酮(28.57％,120/420)、吡嗪酰胺(28.33％,119/420)、乙硫异烟胺(13.33％,56/420),对氨基水杨酸(7.38％,31/420)、卡那霉素(6.67％,28/420)、阿米卡星(5.48％,23/420)、卷曲霉素(5.48％,23/420)、利奈唑胺(0.24％,1/420),但未见对贝达喹啉和氯法齐明耐药.全基因组测序发现菌株有212种基因突变类型,以katG-315-S/T(81.43％,342/420)、rpoB-450-S/L(58.57％,246/420)、rpsL-43-K/R(65.96％,188/285)、embB-306-M/V(32.37％,90/278)突变居多.结论 全基因组测序预测深圳市MDR-MTB临床分离株中的pre-XDR-MTB比例较高,对一线抗结核药品及氟喹诺酮类药品的耐药率较高,临床实践中应结合药敏试验结果谨慎使用;而对乙硫异烟胺、氯法齐明、对氨基水杨酸等二线抗结核药品的耐药率较低,考虑这些药品可作为MDR-TB患者治疗方案的组成部分.