苦瓜MAP30基因克隆与单倍型分析

苦瓜MAP30基因克隆与单倍型分析

S642.503.2; [目的]以揭示苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型为目的,为研究MAP30基因表达调控机制提供参考.[方法]以34份苦瓜初级核心种质为材料,参考苦瓜基因组序列,克隆MAP30基因,利用多种生物信息学软件分析苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型.[结果]苦瓜MAP30基因全长920 bp,包括52bp的5’-UTR,7bp的3’-UTR,861 bp的ORF,无内含子序列,编码286个氨基酸.系统进化分析表明:MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白亲缘关系较远,MAP30蛋白在苦瓜属植物中保守性较强.通过比较34份苦瓜种质资源MAP30基因序列,共发现6个SNP位点,第...

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Veröffentlicht in:云南农业大学学报（自然科学） 2018, Vol.33 (2), p.272-278
Hauptverfasser: 刘子记, 申龙斌, 朱婕, 牛玉, 杨衍
Format: Artikel
Sprache:chi
Online-Zugang:Volltext
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Beschreibung
Zusammenfassung:S642.503.2; [目的]以揭示苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型为目的,为研究MAP30基因表达调控机制提供参考.[方法]以34份苦瓜初级核心种质为材料,参考苦瓜基因组序列,克隆MAP30基因,利用多种生物信息学软件分析苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型.[结果]苦瓜MAP30基因全长920 bp,包括52bp的5’-UTR,7bp的3’-UTR,861 bp的ORF,无内含子序列,编码286个氨基酸.系统进化分析表明:MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白亲缘关系较远,MAP30蛋白在苦瓜属植物中保守性较强.通过比较34份苦瓜种质资源MAP30基因序列,共发现6个SNP位点,第1个SNP位于5’-UTR区,其余5个SNP位于编码区.SNP分组发现:34份苦瓜种质资源MAP30基因共存在3种单倍型.3种单倍型编码的氨基酸序列比对显示:共存在3个氨基酸变异位点,分别是第2位M/V、第69位R/H、第74位N/D,3个氨基酸变异位点分别对应于第2、3、4 SNP位点,第5、6 SNP位点并未引起氨基酸的改变.[结论]本研究克隆了MAP30完整基因结构并分析了MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白的亲缘关系,另外分析了不同苦瓜种质MAP30基因SNP分布情况及单倍型种类.
ISSN:1004-390X
DOI:10.12101/j.issn.1004-390X(n).201706039