SARS病毒基因组的多态性
对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS—CoV BJ202全基因组序列(AY864806)。应用比较基因组研究方法对GenBank中公布的115株SARS—CoV基因组序列以及BJ202进行分析。以GZ02序列为参照,发现2个以上基因组中同时存在单核苷酸多态(SNP)位点共278个。多态位点在SARS—CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点(50.4%,140/278)发生在基因组3’末端1/3区域。编码Orf10-11、Orf3/4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段(15个片段总...
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Veröffentlicht in: | Journal of genetics and genomics 2006, Vol.33 (4), p.354-364 |
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1. Verfasser: | |
Format: | Artikel |
Sprache: | chi |
Schlagworte: | |
Online-Zugang: | Volltext |
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Zusammenfassung: | 对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS—CoV BJ202全基因组序列(AY864806)。应用比较基因组研究方法对GenBank中公布的115株SARS—CoV基因组序列以及BJ202进行分析。以GZ02序列为参照,发现2个以上基因组中同时存在单核苷酸多态(SNP)位点共278个。多态位点在SARS—CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点(50.4%,140/278)发生在基因组3’末端1/3区域。编码Orf10-11、Orf3/4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段(15个片段总长度为6.0kb),结果显示:BJ202特有的3个多态位点(13804、1503l和20792)以及另外3个多态位点(26428、26477和27243)均检出两种不同核苷酸;位点18379虽在已公布的115株SARS—CoV基因组中未发现突变,实际上也是多态位点。14个克隆中有8个克隆该位点为A,6个克隆为G。全部116个SARS—CoV基因组中共有18种缺失类型和2种插入类型。大部分缺失发生在编码ORF9和ORF10-11区域(基因组序列27700—28000bp处)。以邻位连接法(Neighbor-Joining)构建了116株SARS—CoV系统发育树,BJ202与BJ01和LLJ-2004等SARS—CoV的亲缘关系较接近。 |
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ISSN: | 1673-8527 |