基于二代测序技术的玉米内标准基因扩增子的筛选与评估

TS201.6; 通过对先前研究报道的7 个内标准基因的核苷酸序列分析,设计13 个扩增区域(扩增子);利用208 个普通玉米品种(系)对这13 个扩增子进行高通量测序与分析,并对其序列保守性、特异性、检出稳定性及其动态检测范围进行评估,以获得合适的基于二代测序技术定量检测玉米DNA含量或拷贝数的内标准基因扩增子.结果显示,7个内标准基因的13 个扩增子在208 个玉米样品中的检出率为94.7％～100％,而在水稻、大豆、棉花、白菜等25 个非玉米样品中均未被检出,基本符合内标准基因种内高度一致与种间高度特异的标准;种内保守性分析显示E3-UBI-1扩增子不含单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,InDel),而剩余12 个扩增子至少含有一个SNP或InDel;稳定性分析结果显示最不稳定的内标准基因扩增子是I VR,最稳定的是ADH1-2;它们的动态检测范围为0.2～200 ng.综合上述结果,ADH1-2与E3-UBI-1比较适合作为二代测序技术平台中定量检测玉米DNA含量或转基因玉米成分的内标准基因扩增子.