葡萄汁酵母NOT5基因生物信息学分析

葡萄汁酵母NOT5基因生物信息学分析

TS255.4; 目的:从转录组分析数据中得到葡萄汁酵母NOT5基因,并对其进行生物学信息分析,为后期研究该基因的作用打下基础.方法:使用在线分析工具COILS Server、SOPMA、Alpha Fold等分析预测NOT5基因编码蛋白质的一级结构、二级结构、三级结构及其结构域.结果:葡萄汁酵母NOT5基因核苷酸序列的开放阅读框为1446 bp,可编码481个氨基酸,位于XVI染色体690107～691789,在系统发育树中与真贝酵母(Saccharomyces eubayanus NOT5 like protein XP018219088.1)NOT5基因的亲缘关系最近;其编码的蛋白质是不...

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Veröffentlicht in:食品工业科技 2022, Vol.43 (18), p.145-151
Hauptverfasser: 丁淑金, 杨彦萍, 邓茹友, 马福仙, 尹拓, 张汉尧
Format: Artikel
Sprache:chi
Online-Zugang:Volltext
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Beschreibung
Zusammenfassung:TS255.4; 目的:从转录组分析数据中得到葡萄汁酵母NOT5基因,并对其进行生物学信息分析,为后期研究该基因的作用打下基础.方法:使用在线分析工具COILS Server、SOPMA、Alpha Fold等分析预测NOT5基因编码蛋白质的一级结构、二级结构、三级结构及其结构域.结果:葡萄汁酵母NOT5基因核苷酸序列的开放阅读框为1446 bp,可编码481个氨基酸,位于XVI染色体690107～691789,在系统发育树中与真贝酵母(Saccharomyces eubayanus NOT5 like protein XP018219088.1)NOT5基因的亲缘关系最近;其编码的蛋白质是不稳定的亲水蛋白,分子式为C2493H3848N654O795S19,分子质量为56311.02,不含信号肽,无跨膜区域,存在卷曲螺旋区域,亚细胞定位于细胞质中的线粒体上;蛋白质的二级结构以随机卷曲为主;预测存在Pfam Not3和Pfam NOT2_3_5结构域;以Yeast Not1-Not2-Not5(4by6.1.C)为模板构建NOT5蛋白的三级结构,两者的序列一致性可以达到89.88％.结论:葡萄汁酵母NOT5基因编码的蛋白结构不稳定,可能在细胞中互连翻译和转录.
ISSN:1002-0306
DOI:10.13386/j.issn1002-0306.2021120309