基于单细胞RNA测序的结直肠癌预后预测模型的建立和验证

基于单细胞RNA测序的结直肠癌预后预测模型的建立和验证

R735.3%Q78; 目的·基于单细胞RNA测序(single cell RNA sequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型.方法*利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预测模型的候选基因,运用套索回归算法(LASSO)、Logistic回归和Kaplan-Meier生存分析进一步在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中筛选及验证与结直肠癌预后相关的基因集,并建立结直肠癌预后预测模型.通过决策曲线分析和受试者工作特征(...

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Veröffentlicht in:上海交通大学学报（医学版） 2021-02, Vol.41 (2), p.159-165
Hauptverfasser: 马燕如, 季林华, 童天颍, 严宇眚, 沈超琴, 张昕雨, 曹颍颍, 洪洁, 陈豪燕
Format: Artikel
Sprache:chi
Online-Zugang:Volltext
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Beschreibung
Zusammenfassung:R735.3%Q78; 目的·基于单细胞RNA测序(single cell RNA sequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型.方法*利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预测模型的候选基因,运用套索回归算法(LASSO)、Logistic回归和Kaplan-Meier生存分析进一步在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中筛选及验证与结直肠癌预后相关的基因集,并建立结直肠癌预后预测模型.通过决策曲线分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估预测模型在临床应用中的价值.结果·利用GEO数据库获取的scRNA-seq数据筛选出30个差异表达基因,进一步在TCGA数据库中利用LASSO回归得到9个关键基因,并以此对每例患者的关键基因表达进行评分.分别在训练集和验证集中对复发和未复发患者的评分进行比较,差异均有统计学意义(P
ISSN:1674-8115
DOI:10.3969/j.issn.1674-8115.2021.02.006