蓝莓栽培品种的DNA条形码
S718.46%S718.49; [目的]筛选出适合鉴别蓝莓品种的DNA条形码,用于蓝莓不同品种的区分及遗传分化研究.[方法]以40个蓝莓品种108份样品总DNA为模板,对8个条形码片段(rpoB、psbA-trnH、ycf5、rbcL、rpoC、matK、ITS、ITS2)进行扩增与测序,分析扩增效率及测序成功率、遗传距离、barcoding gap,并对遗传距离计算结果进行Wilcoxon检验,利用NJ树法对各蓝莓品种进行聚类分析.[结果]在8个DNA条形码中,ITS与ycf5在所有蓝莓样本中均无扩增产物.除matK序列扩增成功率(96.30%)、测序成功率(99.04%)相对较低外,其他...
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Veröffentlicht in: | 林业科学 2019-12, Vol.55 (12), p.151-161 |
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Hauptverfasser: | , , , , , |
Format: | Artikel |
Sprache: | chi |
Online-Zugang: | Volltext |
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Zusammenfassung: | S718.46%S718.49; [目的]筛选出适合鉴别蓝莓品种的DNA条形码,用于蓝莓不同品种的区分及遗传分化研究.[方法]以40个蓝莓品种108份样品总DNA为模板,对8个条形码片段(rpoB、psbA-trnH、ycf5、rbcL、rpoC、matK、ITS、ITS2)进行扩增与测序,分析扩增效率及测序成功率、遗传距离、barcoding gap,并对遗传距离计算结果进行Wilcoxon检验,利用NJ树法对各蓝莓品种进行聚类分析.[结果]在8个DNA条形码中,ITS与ycf5在所有蓝莓样本中均无扩增产物.除matK序列扩增成功率(96.30%)、测序成功率(99.04%)相对较低外,其他5个条形码扩增与测序成功率均为100%.蓝莓的rpoB序列完全一致,为高度保守序列.各条形码的变异位点数依次为:ITS2(11个)>matK(4个)>rbcL(3个)>psbA-trnH(2个)>rpoC(1个)>rpoB(0个).各蓝莓品种的品种内、品种间遗传距离较小,介于0.000 16~0.002 58之间,且品种间遗传距离大于品种内.Barcoding gap分析结果显示,各条形码均未形成明显的间隔区,但从分布情况看,ITS2、psbA-trnH、matK3个条形码有偏向两端分布的趋势,尤其是ITS2.Wilcoxon检验显示,ITS2、psbA-trnH品种间变异较大,psbA-trnH品种内的变异较大.聚类分析结果表明,psbA-trnH和rpoC可将蓝莓品种分为2个类群,rbcL和matK将蓝莓划分为3个类群,ITS2将蓝莓分为4个类群.利用条形码组合可提高蓝莓品种鉴定率,其中ITS2+ matK+ rpoC+ rbcL鉴定成功率最高,为20%.[结论]ITS2对蓝莓品种的鉴定结果优于其他条形码,条形码组合ITS2+matK+rpoC+rbcL将40个蓝莓品种分为14组,能够将山东省主要的蓝莓栽培品种如伯克利、阳光蓝、北陆等品种区分开来,较适于蓝莓的品种鉴定. |
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ISSN: | 1001-7488 |
DOI: | 10.11707/j.1001-7488.20191216 |