基于高通量测序技术的102株铜绿假单胞菌耐药基因研究
R378%R446.5; 目的 通过高通量测序技术结合生物信息学分析多重耐药铜绿假单胞菌的耐药基因型.方法从246株铜绿假单胞菌中筛选出多重耐药株,采用碱裂解法提取目的菌的基因组和质粒DN A后进行高通量测序,应用生物信息学分析携带的耐药基因.结果 共检出102株多重耐药株,21株广泛耐药株只对多黏菌素B敏感.102株多重耐药铜绿假单胞菌样本经高通量测序产生reads 32088766条,长度98 nt,总测序碱基数3.1 Gb,发现了8种抗菌药物耐药类型,含有21种耐药基因型,共有16个基因存在69个核苷酸的多态位点,其中有8种基因型17个位点发生非同义突变,占总单核苷酸多态性(SN P)位...
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| Veröffentlicht in: | 国际检验医学杂志 2018, Vol.39 (7), p.773-775 |
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| Hauptverfasser: | , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | chi |
| Online-Zugang: | Volltext |
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| Zusammenfassung: | R378%R446.5; 目的 通过高通量测序技术结合生物信息学分析多重耐药铜绿假单胞菌的耐药基因型.方法从246株铜绿假单胞菌中筛选出多重耐药株,采用碱裂解法提取目的菌的基因组和质粒DN A后进行高通量测序,应用生物信息学分析携带的耐药基因.结果 共检出102株多重耐药株,21株广泛耐药株只对多黏菌素B敏感.102株多重耐药铜绿假单胞菌样本经高通量测序产生reads 32088766条,长度98 nt,总测序碱基数3.1 Gb,发现了8种抗菌药物耐药类型,含有21种耐药基因型,共有16个基因存在69个核苷酸的多态位点,其中有8种基因型17个位点发生非同义突变,占总单核苷酸多态性(SN P)位点的24.6%.结论 运用高通量混合基因组测序技术分析多重耐药病原菌耐药基因具有可行性. |
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| ISSN: | 1673-4130 |
| DOI: | 10.3969/j.issn.1673-4130.2018.07.002 |