基于16S rDNA序列4株鸡源芽孢杆菌的分子鉴定

对分离自肉鸡肠胃的4株芽孢杆菌R1、R2、S1、H1的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在NCBI中通过Nucleotide BLAST查找其同源序列,应用DNAstar的Meg Align软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega5.0软件中的最大似然法、邻接法、最小进化法、最大简约法构建系统发育树。序列差异和同源性分析结果显示：由Jotun Hein法可知,H1和R2与Bacillus subtilis DSM10同源性最高,达到100%;R1与B.vallismortis DSM11031同源性最高,达到99.7%;H1与B.subtilis DSM10的同源性为99.9%。由Clustal V法可知,H1与R2同源性最高,达到99.6%;R1与S1同源性最高、为98.7%。由Clustal W法可知,H1与R2同源性最高、为99.7%,R1与S1为99.4%。采用4种方法构建的系统发育树基本一致,可以确立4株鸡源芽孢杆菌的分类地位,R1、S1与B.subtilis BPRIST009、B.subtilis LXB3、B.vallismortis DSM11031之间关系最为亲近;R2、H1与B.subtilis CICC10076、B.subtilis DSM10之间关系最为亲近。