Streptococcus pneumoniae klinik izolatlarının tanımlanmasında pnömokokal yüzey antijen A ve otolizin genlerinin gösterilmesinin yeri

Streptococcus pneumoniae, çocuk ve yetişkinlerde toplum kökenli pnömoni, menenjit, sinüzit, bronşit ve otitis media gibi enfeksiyonların önemli etkenleri arasında yer almaktadır. Pnömokokların laboratuvar tanısında konvansiyonel yöntemler bazen yetersiz kalmakta ve bu durum özellikle serotiplendirilemeyen S.pneumoniae suşları varlığında güçlük yaratmaktadır. Bu çalışma, solunum yolu örneklerinde S.pneumoniae tanımlanmasında kullanılan klasik yöntemler ile yüzey antijeni A (psaA) ve otolizin (lytA) gen varlığını saptayan moleküler yöntemlerin karşılaştırılması ve izolatların serotip dağılımının belirlenmesi amacıyla planlanmıştır. Çalışmada, 2000-2006 yılları arasında pnömokoksik pnömoni tanısı almış hastaların (yaş aralığı: 1-79 yıl) solunum yolu örneklerinden izole edilen rastgele seçilmiş 62 S.pneumoniae izolatı kullanılmıştır. Tüm izolatların tanısı, Gram boyama, %5 C02'li ve normal atmosferde optokin duyarlılık testi ve safrada çözünürlük testi gibi klasik laboratuvar testleri ile konulmuştur. Kapsül tiplendirmesi, lateks aglutinasyon yöntemi (Statens Serum Institut, Denmark) ile yapılmış; bu yöntemle belirlenemeyen izolatlar için Quellung reaksiyonu (Statens Serum Institut, Denmark) yöntemi uygulanmıştır. Virülans faktörleri; pnömokok yüzey antijeni A (psaA) ve otolizin (JytA) gen varlığı, sırasıyla psaA1 (5'-CTT TCT GCA ATC ATT CTT G) ile psaA2 (5'-GCC TTC TTT ACC TTG TTC TGC) ve lytAF (5'-ACG CAA TCT AGC AGA TGA AGC) ile lytAR (5'-TGT TTG GTT GGT TAT TCG TGC) primerleri kullanılarak, "in house" polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile gösterilmiştir. Altmış iki S.pneumoniae izolatının 26 ayrı kapsül serotipine sahip olduğu bulunmuş; en sık saptanan iki serotip sırasıyla serotip 14 (n= 6) ve 19A (n= 5) olarak belirlenmiştir. Dört izolatın kapsül tipi kullanılan testlerle tespit edilememiştir. Seçilen tüm izolatların %5 C02'li ve normal atmosfer ortamında optokine duyarlı ve safrada çözünür olduğu tespit edilmiş (%100) ve hepsi nin (%100) psoÂve lytA geni içerdiği saptanmıştır. S.pneumoniae'nın laboratuvar tanısı için kullanılan klasik ve moleküler yöntemler arasında fark gözlenmemiştir. Sonuç olarak, S.pneumoniae izolatlarında, özellikle "serotiplendirilemeyen" suşların kesin ve doğru laboratuvar tanısında klasik testlerin yanısıra, psaA ve/veya lytA gen bölgesine yönelik moleküler yöntemlerin uygulanmasının, sonuçların güvenilirliği açısından değer taşıdığı kanısına varılmıştır. Streptococcus pneumoniae is one of the most frequent causative agents of c