Protocolo para la extracción de ADN metagenómico bacteriano del langostino Macrobrachium carcinus L

En este trabajo se adecuó un protocolo para la extracción de ADN metagenómico (ADNmg) bacteriano del sistema digestivo (intestino, estómago y hepatopáncreas) del langostino Macrobrachium carcinus L., tomando como referencia la metodología de extracción de ADN bacteriano de suelos y sedimentos (Rojas-Herrera et al., 2008). Esta metodología constaba de lisis enzimática, física, mecánica y química; después de una serie de ensayos se suprimió la lisis enzimática. Sin embargo, el éxito de la extracción del ADNmg fue influenciado principalmente por la preparación de las muestras analizadas; en particular el hepatopáncreas donde fue necesario eliminar la grasa mediante choques térmicos de temperaturas y separación de las fases mediante centrifugación con la muestra congelada. La eficacia del ADN aislado fue verificada mediante la fragmentación por electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE), después de la amplificación con iniciadores universales. En general, se tuvo una baja diversidad (19 filotipos) entre los diferentes órganos analizados de 13.5±1 (intestinos) a 11.7±0.96 (estómagos). Los índices de Shannon-Weaver (2.45), Simpsons (10.88) y equidad (0.972) obtenidos de la digitalización de la imagen del gel, proponen que los filotipos que conforman la microflora del sistema digestivo de M. carcinus, se distribuyen irregularmente entre los diferentes órganos analizados.