An optmized protocol for simultaneous extraction of DNA and RNA from soils

In this work we report an optimized protocol for simultaneous extraction of DNA and RNA from soil matrices. Treatment of soil matrices with ethanol followed by bead-beating worked as a successful strategy to lyse the cells without considerable degradation of nucleic acids, resulting in DNA and RNA of good yield and integrity. The reverse transcribed RNA could be amplified with primers targeting a glutamine synthetase (glnA) gene fragment. From both DNA and cDNA, 16S rDNA fragments were amplified and analyzed by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). The method was applied to soil and rhizosphere (strawberry and oilseed rape) samples. Two other protocols for the extraction of nucleic acids from soil were applied to the same set of samples in order to compare the methods in terms of efficiency and reproducibility. The DGGE profiles indicated no relevant differences between the patterns obtained. The method described here is suitable for rapid processing of many samples and therefore appropriate for ecological studies. Nesse trabalho descrevemos um protocolo otimizado para extração simultânea de DNA e RNA de solo. O tratamento das amostras de solo com etanol e posterior agitação com partículas foi uma estratégia bem sucedida para lise das células sem degradação significativa dos ácidos nucléicos, resultando em bom rendimento de DNA e RNA íntegros. O RNA transcrito pode ser amplificado com iniciadores com alvo no fragmento do gene da glutamina sintetase (glnA). Os fragmentos 16S rDNA, tanto do DNA como do cDNA, foram amplificados e analisados por DGGE. O método foi aplicado para amostras de solo e rizosfera (morango e canola). Dois outros protocolos para extração de ácidos nucléicos de solo foram aplicados para o mesmo lote de amostras, de forma a comparar os métodos quanto à eficiência e reprodutibilidade. Os perfis de DGGE mostraram não haver diferença relevante nos padrões obtidos. O método descrito é apropriado para o processamento rápido de muitas amostras e, conseqüentemente, adequado para estudos ecológicos.