Genómica en la nube

Este trabajo se ha traducido utilizando IA. Agradecemos tus opiniones y comentarios: translation-feedback@oreilly.com Los datos en el campo de la genómica están en auge. En unos pocos años, organizaciones como los Institutos Nacionales de Salud (NIH) albergarán más de 50 petabytesâ"¢ o más de 50 millones de gigabytesâ"¢ de datos genómicos, y están recurriendo a la infraestructura de la nube para poner esos datos a disposición de la comunidad investigadora. ¿Cómo se adaptan las herramientas y protocolos de análisis para acceder y analizar ese volumen de datos en la nube? Con este libro práctico, los investigadores aprenderán a trabajar con algoritmos genómicos utilizando herramientas de código abierto, como el Kit de Herramientas de Análisis Genómico (GATK), Docker, WDL y Terra. Geraldine Van der Auwera, custodio desde hace mucho tiempo de la comunidad de usuarios de GATK, y Brian Oâ??Connor, del Instituto de Genómica de la UC Santa Cruz, te guiarán a través del proceso. Aprenderás trabajando con datos reales y algoritmos genómicos de campo. Este libro abarca: Antecedentes esenciales de genómica y tecnología informática Operaciones básicas de computación en nube Primeros pasos con GATK, además de los tres principales pipelines GATK Best Practices Automatización del análisis con flujos de trabajo guionizados mediante WDL y Cromwell Ampliación de la ejecución de flujos de trabajo en la nube, incluida la paralelización y la optimización de costes Análisis interactivo en la nube mediante cuadernos Jupyter Colaboración segura y reproducibilidad computacional mediante Terra