Mass spectrometry MALDI-TOF, a new tool which the medical mycologist cannot by-pass. Preliminary exploration of an application concerning the identification of yeasts isolated in a French University Hospital

In this short note, we introduce the mass spectrometry MALDI-TOF process and its applications, regarding conventional methods for identification of yeasts in the clinical mycology laboratory. To illustrate our purposes, we report a preliminary prospective experience, which have concerned during a limited period of time joint identification of all yeasts isolated in the routine medical laboratory from the Lille CHRU, by either conventional methods or mass spectrometry MALDI-TOF. Over the 750 strains tested the results were satisfactory with correlations 90-99%, the later score needing second runs for one method or the other. Few discrepancies were observed for Candida albicans/C. dubliniensis and C. inconspicua/C. norvegensis and C. parapsilosis wild and collection strains, which were all in favour of mass spectrometry, which was both more rapid and appropriate for species identification. These preliminary data confirm a simple application beside a high potential of mass spectrometry MALDI-TOF for identification of pathogen fungi. It seems necessary that medical mycologists should invest in this new method.Original Abstract: Dans cette courte note, nous presentons la spectrometrie de masse MALDI-TOF et ses applications, en la situant par rapport aux autres methodes d'identification des levures dans un laboratoire de mycologie clinique. Comme illustration, nous rapportons les resultats preliminaires d'une etude prospective qui a concerne pendant une courte periode l'identification de l'ensemble des levures isolees en mycologie clinique au CHRU de Lille par methodes conventionnelles, conjointement a la spectrometrie de masse MALDI-TOF. Sur les 750 souches analysees, les resultats etaient satisfaisants avec des correlations de 90 a 99 %, le second score etant obtenu avec une seconde etape d'identification par l'une ou l'autre des methodes. Peu de discordances ont ete observees pour les complexes Candida albicans/C. dubliniensis, C. inconspicua/C. norvegensis, et C. parapsilosis et ses genotypes proches (C. metapsilosis et C. orthopsilosis). A chaque fois, les resultats etaient exclusivement en faveur de la spectrometrie de masse tant au niveau de la rapidite qu'en termes de fiabilite d'identification. Ces donnees preliminaires confirment une application simple associee a un fort potentiel de la spectrometrie de masse MALDI-TOF pour identifier les agents pathogenes fongiques. Il apparait donc necessaire que les mycologues investissent dans cette nouvelle method