Genotyping of Helicobacter pylori isolates by sequencing of PCR products and comparison with the RAPD technique

Two genotyping methods were performed on bacterial suspensions of the human pathogen Helicobacter pylori. A total of 29 clinical isolates were analysed by sequencing of a 294-bp PCR-derived internal segment of the essential ureC/glmM gene of H. pylori, and by random amplified polymorphic DNA (RAPD) using a single 11-bp oligonucleotide made up of an arbitrary nucleotide sequence. Each isolate exhibited a distinct sequence over a 210-bp stretch of the ureC/glmM gene. Similarly, the isolates bore different profiles when tested by RAPD fingerprinting. Successive strains arising from patients who relapsed following antibiotic treatment and strains isolated from two patients institutionalized in the same care centre had identical ureC/glmM gene sequences and RAPD profiles. Both methods were found to be discriminatory. However, PCR sequencing of the ureC/glmM gene appeared to be more reproducible and more reliable for distinguishing between strains than the RAPD technique. Deux techniques moléculaires ont été utilisées pour typer 29 souches cliniques de Helicobacter pylori: a) la détermination de la séquence nucléotidique à partir d'un produit PCR de 294 bp, dérivé du gène essentiel ureC/glmM et b) l'amplification génomique au hasard (RAPD, pour “random amplified polymorphic DNA”) à l'aide d'un oligonucléotide de 11 pb arbitrairement choisi. Pour chaque souche indépendante on observe que la séquence nucléotidique déterminée à partir du produit PCR (210 pb intérieur au gène ureC/glmM) est distincte pour chacune des souches et que celles-ci présentent un profil de RAPD différent. Par contre, les souches provenant d'un deuxième isolement chez des patients ayant présenté une rechute après antibiothérapie présentent une séquence identique du produit du gène ureC/glmM et les mêmes profils en RAPD. Les mêmes résultats ont été obtenus sur deux souches isolées chez deux patients hébergés dans la même institution. Alors que les deux techniques ont permis sans ambiguité de distinguer les souches les unes des autres, la technique de séquence directe des produits PCR du gène ureC/glmM s'est avérée plus reproductible et plus fiable que la technique de RAPD.