The distinction of pathogenic Vibrio cholerae groups using arbitrarily primed PCR fingerprints
Pathogenic Vibrio cholerae strains were compared by fingerprinting with arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR). They were O1 classical and E1 Tor strains and recent non-O1 Bengal strains. Ten oligonucleotides from a total of fifty-two tested gave distinctive patterns, and these strain...
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| Veröffentlicht in: | Research in microbiology 1995-10, Vol.146 (8), p.671-683 |
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| Hauptverfasser: | , , , , , |
| Format: | Artikel |
| Sprache: | eng |
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| container_title | Research in microbiology |
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| creator | Coelho, A Vicente, A.C.P Baptista, M.A.S Momen, H Santos, F.A.R.W Salles, C.A |
| description | Pathogenic
Vibrio cholerae strains were compared by fingerprinting with arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR). They were O1 classical and E1 Tor strains and recent non-O1 Bengal strains. Ten oligonucleotides from a total of fifty-two tested gave distinctive patterns, and these strains were separated into four groups. A second technique, amplification of
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rRNA spacers with a pair of oligonucleotides, was also used. Various bands were obtained, and the result can be treated as an additional fingerprint with a different pattern for each of the groups. The method of AP-PCR fingerprinting is fast and sensitive. A test of the stability of the E1 Tor patterns was done with a set of strains isolated during the present Brazilian epidemics. Examples of AP-PCRs with non-O1 strains are given. A typing scheme is proposed in which oligo 1 is first used, and depending on the fingerprint obtained, additional oligonucleotides are used to confirm the classification of the strain. It is proposed that the AP-PCR technique be used for epidemiological studies, analysing strains reaching new locations or environmental isolates suspected of being pathogenic. It will be particularly helpful in cases in which traditional methods cannot clearly classify the strain.
Diverses souches de
Vibrio cholerae pathogènes ont été comparées par “fingerprinting” utilisant des amorces arbitraires pour les réactions de PCR (arbitrarily primed polymerase chain reaction, AP-PCR). Il s'aglit des souches classiques et E1 Tor O1 et des souches récentes Bengal non-O1. Dix oligonucléotides, sur un total de cinquante-deux testés, ont donné un profil de bandes distinct. Ses souches ont ainsi été séparées en quatre groupes. Une autre technique a également été utilisée, consistant à amplifier les régions intergéniques de l'ARNr
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avec une paire d'oligonucléotides. Différentes bandes ont été obtenues, et le résultat peut être considéré comme un “fingerprint” supplémentaire, avec un profil distinct pour chaque groupe. La méthode du “fingerprint” par AP-PCR est à la fois rapide et sensible. La stabilité des profils E1 Tor a été testée avec des souches isolées au Brésil pendant l'épidémie actuelle. Des exemples d'AP-PCR avec des souches non-O1 sont présentés. Un schéma pour définir le type de la souche est proposé: l'oligo 1 est utilisé en premier, et, en fonction du résultat du “fingerprint”, d'autres oligos sont utilisés pour classifier la souche. Il est proposé que la techniqu |
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Vibrio cholerae strains were compared by fingerprinting with arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR). They were O1 classical and E1 Tor strains and recent non-O1 Bengal strains. Ten oligonucleotides from a total of fifty-two tested gave distinctive patterns, and these strains were separated into four groups. A second technique, amplification of
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rRNA spacers with a pair of oligonucleotides, was also used. Various bands were obtained, and the result can be treated as an additional fingerprint with a different pattern for each of the groups. The method of AP-PCR fingerprinting is fast and sensitive. A test of the stability of the E1 Tor patterns was done with a set of strains isolated during the present Brazilian epidemics. Examples of AP-PCRs with non-O1 strains are given. A typing scheme is proposed in which oligo 1 is first used, and depending on the fingerprint obtained, additional oligonucleotides are used to confirm the classification of the strain. It is proposed that the AP-PCR technique be used for epidemiological studies, analysing strains reaching new locations or environmental isolates suspected of being pathogenic. It will be particularly helpful in cases in which traditional methods cannot clearly classify the strain.
Diverses souches de
Vibrio cholerae pathogènes ont été comparées par “fingerprinting” utilisant des amorces arbitraires pour les réactions de PCR (arbitrarily primed polymerase chain reaction, AP-PCR). Il s'aglit des souches classiques et E1 Tor O1 et des souches récentes Bengal non-O1. Dix oligonucléotides, sur un total de cinquante-deux testés, ont donné un profil de bandes distinct. Ses souches ont ainsi été séparées en quatre groupes. Une autre technique a également été utilisée, consistant à amplifier les régions intergéniques de l'ARNr
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avec une paire d'oligonucléotides. Différentes bandes ont été obtenues, et le résultat peut être considéré comme un “fingerprint” supplémentaire, avec un profil distinct pour chaque groupe. La méthode du “fingerprint” par AP-PCR est à la fois rapide et sensible. La stabilité des profils E1 Tor a été testée avec des souches isolées au Brésil pendant l'épidémie actuelle. Des exemples d'AP-PCR avec des souches non-O1 sont présentés. Un schéma pour définir le type de la souche est proposé: l'oligo 1 est utilisé en premier, et, en fonction du résultat du “fingerprint”, d'autres oligos sont utilisés pour classifier la souche. Il est proposé que la technique de l'AP-PCR soit utilisée pour des études épidémiologiques pour analyser les souches atteignant de nouvelles régions ou des isolats environnementaux soupçonnés d'être pathogènes. Cette technique sera particulièrement intéressante dans les cas où les méthodes traditionelles ne permettent pas de classifier avec certitude une souche.</description><identifier>ISSN: 0923-2508</identifier><identifier>EISSN: 1769-7123</identifier><identifier>DOI: 10.1016/0923-2508(96)81064-3</identifier><identifier>PMID: 8584790</identifier><language>eng</language><publisher>Paris: Elsevier SAS</publisher><subject>AP-PCR, Epidemiology ; Bacteriology ; Biological and medical sciences ; DNA Fingerprinting - methods ; Electrophoresis, Agar Gel ; Empreintes, AP-PCR, Epidémiologie ; Fingerprinting ; Fundamental and applied biological sciences. Psychology ; In Vitro Techniques ; Microbiology ; Pathogenicity, virulence, toxins, bacteriocins, pyrogens, host-bacteria relations, miscellaneous strains ; Polymerase Chain Reaction - methods ; RNA, Ribosomal, 16S - genetics ; RNA, Ribosomal, 23S - genetics ; Vibrio cholerae - classification ; Vibrio cholerae - genetics ; Vibrio cholerae, PCR</subject><ispartof>Research in microbiology, 1995-10, Vol.146 (8), p.671-683</ispartof><rights>1995</rights><rights>1996 INIST-CNRS</rights><lds50>peer_reviewed</lds50><oa>free_for_read</oa><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed><citedby>FETCH-LOGICAL-c432t-a3719b611af0110af8d02fb46100239717762dcfa8e135d2a763b8093585d2e93</citedby><cites>FETCH-LOGICAL-c432t-a3719b611af0110af8d02fb46100239717762dcfa8e135d2a763b8093585d2e93</cites></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><linktohtml>$$Uhttps://dx.doi.org/10.1016/0923-2508(96)81064-3$$EHTML$$P50$$Gelsevier$$H</linktohtml><link.rule.ids>314,780,784,3549,27923,27924,45994</link.rule.ids><backlink>$$Uhttp://pascal-francis.inist.fr/vibad/index.php?action=getRecordDetail&idt=2897413$$DView record in Pascal Francis$$Hfree_for_read</backlink><backlink>$$Uhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8584790$$D View this record in MEDLINE/PubMed$$Hfree_for_read</backlink></links><search><creatorcontrib>Coelho, A</creatorcontrib><creatorcontrib>Vicente, A.C.P</creatorcontrib><creatorcontrib>Baptista, M.A.S</creatorcontrib><creatorcontrib>Momen, H</creatorcontrib><creatorcontrib>Santos, F.A.R.W</creatorcontrib><creatorcontrib>Salles, C.A</creatorcontrib><title>The distinction of pathogenic Vibrio cholerae groups using arbitrarily primed PCR fingerprints</title><title>Research in microbiology</title><addtitle>Res Microbiol</addtitle><description>Pathogenic
Vibrio cholerae strains were compared by fingerprinting with arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR). They were O1 classical and E1 Tor strains and recent non-O1 Bengal strains. Ten oligonucleotides from a total of fifty-two tested gave distinctive patterns, and these strains were separated into four groups. A second technique, amplification of
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rRNA spacers with a pair of oligonucleotides, was also used. Various bands were obtained, and the result can be treated as an additional fingerprint with a different pattern for each of the groups. The method of AP-PCR fingerprinting is fast and sensitive. A test of the stability of the E1 Tor patterns was done with a set of strains isolated during the present Brazilian epidemics. Examples of AP-PCRs with non-O1 strains are given. A typing scheme is proposed in which oligo 1 is first used, and depending on the fingerprint obtained, additional oligonucleotides are used to confirm the classification of the strain. It is proposed that the AP-PCR technique be used for epidemiological studies, analysing strains reaching new locations or environmental isolates suspected of being pathogenic. It will be particularly helpful in cases in which traditional methods cannot clearly classify the strain.
Diverses souches de
Vibrio cholerae pathogènes ont été comparées par “fingerprinting” utilisant des amorces arbitraires pour les réactions de PCR (arbitrarily primed polymerase chain reaction, AP-PCR). Il s'aglit des souches classiques et E1 Tor O1 et des souches récentes Bengal non-O1. Dix oligonucléotides, sur un total de cinquante-deux testés, ont donné un profil de bandes distinct. Ses souches ont ainsi été séparées en quatre groupes. Une autre technique a également été utilisée, consistant à amplifier les régions intergéniques de l'ARNr
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avec une paire d'oligonucléotides. Différentes bandes ont été obtenues, et le résultat peut être considéré comme un “fingerprint” supplémentaire, avec un profil distinct pour chaque groupe. La méthode du “fingerprint” par AP-PCR est à la fois rapide et sensible. La stabilité des profils E1 Tor a été testée avec des souches isolées au Brésil pendant l'épidémie actuelle. Des exemples d'AP-PCR avec des souches non-O1 sont présentés. Un schéma pour définir le type de la souche est proposé: l'oligo 1 est utilisé en premier, et, en fonction du résultat du “fingerprint”, d'autres oligos sont utilisés pour classifier la souche. Il est proposé que la technique de l'AP-PCR soit utilisée pour des études épidémiologiques pour analyser les souches atteignant de nouvelles régions ou des isolats environnementaux soupçonnés d'être pathogènes. Cette technique sera particulièrement intéressante dans les cas où les méthodes traditionelles ne permettent pas de classifier avec certitude une souche.</description><subject>AP-PCR, Epidemiology</subject><subject>Bacteriology</subject><subject>Biological and medical sciences</subject><subject>DNA Fingerprinting - methods</subject><subject>Electrophoresis, Agar Gel</subject><subject>Empreintes, AP-PCR, Epidémiologie</subject><subject>Fingerprinting</subject><subject>Fundamental and applied biological sciences. 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Vibrio cholerae strains were compared by fingerprinting with arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR). They were O1 classical and E1 Tor strains and recent non-O1 Bengal strains. Ten oligonucleotides from a total of fifty-two tested gave distinctive patterns, and these strains were separated into four groups. A second technique, amplification of
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rRNA spacers with a pair of oligonucleotides, was also used. Various bands were obtained, and the result can be treated as an additional fingerprint with a different pattern for each of the groups. The method of AP-PCR fingerprinting is fast and sensitive. A test of the stability of the E1 Tor patterns was done with a set of strains isolated during the present Brazilian epidemics. Examples of AP-PCRs with non-O1 strains are given. A typing scheme is proposed in which oligo 1 is first used, and depending on the fingerprint obtained, additional oligonucleotides are used to confirm the classification of the strain. It is proposed that the AP-PCR technique be used for epidemiological studies, analysing strains reaching new locations or environmental isolates suspected of being pathogenic. It will be particularly helpful in cases in which traditional methods cannot clearly classify the strain.
Diverses souches de
Vibrio cholerae pathogènes ont été comparées par “fingerprinting” utilisant des amorces arbitraires pour les réactions de PCR (arbitrarily primed polymerase chain reaction, AP-PCR). Il s'aglit des souches classiques et E1 Tor O1 et des souches récentes Bengal non-O1. Dix oligonucléotides, sur un total de cinquante-deux testés, ont donné un profil de bandes distinct. Ses souches ont ainsi été séparées en quatre groupes. Une autre technique a également été utilisée, consistant à amplifier les régions intergéniques de l'ARNr
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avec une paire d'oligonucléotides. Différentes bandes ont été obtenues, et le résultat peut être considéré comme un “fingerprint” supplémentaire, avec un profil distinct pour chaque groupe. La méthode du “fingerprint” par AP-PCR est à la fois rapide et sensible. La stabilité des profils E1 Tor a été testée avec des souches isolées au Brésil pendant l'épidémie actuelle. Des exemples d'AP-PCR avec des souches non-O1 sont présentés. Un schéma pour définir le type de la souche est proposé: l'oligo 1 est utilisé en premier, et, en fonction du résultat du “fingerprint”, d'autres oligos sont utilisés pour classifier la souche. Il est proposé que la technique de l'AP-PCR soit utilisée pour des études épidémiologiques pour analyser les souches atteignant de nouvelles régions ou des isolats environnementaux soupçonnés d'être pathogènes. Cette technique sera particulièrement intéressante dans les cas où les méthodes traditionelles ne permettent pas de classifier avec certitude une souche.</abstract><cop>Paris</cop><pub>Elsevier SAS</pub><pmid>8584790</pmid><doi>10.1016/0923-2508(96)81064-3</doi><tpages>13</tpages><oa>free_for_read</oa></addata></record> |
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