The distinction of pathogenic Vibrio cholerae groups using arbitrarily primed PCR fingerprints

Pathogenic Vibrio cholerae strains were compared by fingerprinting with arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR). They were O1 classical and E1 Tor strains and recent non-O1 Bengal strains. Ten oligonucleotides from a total of fifty-two tested gave distinctive patterns, and these strains were separated into four groups. A second technique, amplification of 16 S 23 S rRNA spacers with a pair of oligonucleotides, was also used. Various bands were obtained, and the result can be treated as an additional fingerprint with a different pattern for each of the groups. The method of AP-PCR fingerprinting is fast and sensitive. A test of the stability of the E1 Tor patterns was done with a set of strains isolated during the present Brazilian epidemics. Examples of AP-PCRs with non-O1 strains are given. A typing scheme is proposed in which oligo 1 is first used, and depending on the fingerprint obtained, additional oligonucleotides are used to confirm the classification of the strain. It is proposed that the AP-PCR technique be used for epidemiological studies, analysing strains reaching new locations or environmental isolates suspected of being pathogenic. It will be particularly helpful in cases in which traditional methods cannot clearly classify the strain. Diverses souches de Vibrio cholerae pathogènes ont été comparées par “fingerprinting” utilisant des amorces arbitraires pour les réactions de PCR (arbitrarily primed polymerase chain reaction, AP-PCR). Il s'aglit des souches classiques et E1 Tor O1 et des souches récentes Bengal non-O1. Dix oligonucléotides, sur un total de cinquante-deux testés, ont donné un profil de bandes distinct. Ses souches ont ainsi été séparées en quatre groupes. Une autre technique a également été utilisée, consistant à amplifier les régions intergéniques de l'ARNr 16 S 23 S avec une paire d'oligonucléotides. Différentes bandes ont été obtenues, et le résultat peut être considéré comme un “fingerprint” supplémentaire, avec un profil distinct pour chaque groupe. La méthode du “fingerprint” par AP-PCR est à la fois rapide et sensible. La stabilité des profils E1 Tor a été testée avec des souches isolées au Brésil pendant l'épidémie actuelle. Des exemples d'AP-PCR avec des souches non-O1 sont présentés. Un schéma pour définir le type de la souche est proposé: l'oligo 1 est utilisé en premier, et, en fonction du résultat du “fingerprint”, d'autres oligos sont utilisés pour classifier la souche. Il est proposé que la techniqu