Onset of cryptic vicariance in the Japanese dormouse Glirulus japonicus (Mammalia, Rodentia) in the Late Tertiary, inferred from mitochondrial and nuclear DNA analysis

The sequences of the mitochondrial cytochrome b gene and restriction site variation in the spacer region of the nuclear ribosomal RNA gene [rDNA‐restriction fragment length polymorphism (RFLP)] were analysed to determine the phylogeographic structure of the Japanese dormouse (Glirulus japonicus), which is threatened by deforestation and has been designated an endangered species in Japan. The phylogenetic tree of cytochrome b grouped G. japonicus into six geographical populations: north‐eastern Honshu (I), central Honshu (II), west‐central Honshu/Kii Peninsula (III), western Honshu (IV), Shikoku (V), and westernmost Honshu/Kyushu (VI); the genetic distances among these groups suggest divergence in the Late Tertiary. The lineage of group VI was located at the basal position in the phylogenetic tree, followed by the radiation of the other lineages. An rDNA‐RFLP analysis of 15 restriction sites roughly supported such genetic isolation; groups I, II, III, IV, V and VI have five, two, one, one, one and four unique restriction sites, respectively, revealing four geographic groups as cryptic species: I, II, III + IV + V and VI. Our results reveal the ancient divergences of the local population, which has a complicated evolutionary history, and should be useful in developing a framework for the conservation of this species. Resumen Secuencias del gen mitocondrial citocromo b y variaciones en sitios de restricción en la región espaciadora del gen nuclear de ARN ribosomal [rARN‐fragmentos de restricción de polimorfismos de longitud (RFLP)] fueron analizados para determinar la estructura filogeográfica del lirón japonés (Glirulus japonicus), el cual es amenazado por deforestación y ha sido designado como especie en peligro de extinción en Japón. El árbol filogenético usando el gen mitocondrial citocromo b revelo que individuos de las especie G. japonicus están divididos en seis regiones geográficas: (I) el Noreste de la isla de Honshu, (II) el centro de la isla de Honshu, (III) el oeste central de la isla de Honshu/la península de Kii, (IV) el oeste de la isla de Honshu, (V) la isla de Shikoku y (VI) la región mas al oeste de las islas de Honshu y Kyushu. Las distancias genéticas entre estos grupos sugieren que la divergencia entre ellos ocurrió durante el Terciario tardío. El grupo VI ocupo el punto mas basal del árbol filogenético, seguida de la radiación de los otros grupos. Nuestro análisis de rADN‐RFLP de 15 sitios de restricción corroboraron los resultados del g