Genetic diversity of Plasmodium falciparum merozoite surface protein‐1 (block 2), glutamate‐rich protein and sexual stage antigen Pfs25 from Chandigarh, North India

Objective To elucidate the genetic diversity of Plasmodium falciparum in residual transmission foci of northern India. Methods Clinically suspected patients with malaria were screened for malaria infection by microscopy. 48 P. falciparum‐infected patients were enrolled from tertiary care hospital in Chandigarh, India. Blood samples were collected from enrolled patients, genomic DNA extraction and nested PCR was performed for further species confirmation. Sanger sequencing was carried out using block 2 region of msp1, R2 region of glurp and pfs25‐specific primers. Results Extensive diversity was found in msp1 alleles with predominantly RO33 alleles. Overall allelic prevalence was 55.8% for RO33, 39.5% for MAD20 and 4.7% for K1. Six variants were observed in MAD20, whereas no variant was found in RO33 and K1 alleles. A phylogenetic analysis of RO33 alleles indicated more similarity to South African isolates, whereas MAD20 alleles showed similarity with South‐East Asian isolates. In glurp, extensive variation was observed with eleven different alleles based on the AAU repeats. However, pfs25 showed less diversity and was the most stable among the targeted genes. Conclusion Our findings document the genetic diversity among circulating strains of P. falciparum in an area of India with low malaria transmission and could have implications for control strategies to reach the national goal of malaria elimination. Objectif Elucider la diversité génétique de P. falciparum dans les foyers résiduels de transmission du nord de l'Inde. Méthodes Les patients cliniquement soupçonnés du paludisme ont subi un dépistage par la microscopie pour l'infection par le paludisme. 48 patients infectés par P. falciparum ont été recrutés dans deux hôpitaux de soins tertiaires à Chandigarh, en Inde. Des échantillons de sang ont été prélevés chez les patients recrutés, l'extraction de l’ADN génomique et la PCR nichée ont été réalisées pour confirmation de l'espèce. Le séquençage de Sanger a été réalisé en utilisant des amorces spécifiques de la région block 2 de msp1, la région R2 de glurp et pfs25. Résultats Une diversité étendue a été trouvée dans msp1 avec majoritairement les allèles RO33. Globalement la prévalence allélique était de 56% pour RO33, 39% pour MAD20 et 5% pour K1. Six variantes ont été observées pour MAD20, alors qu'aucune variante n'a été trouvée dans les allèles RO33 et K1. Une analyse phylogénétique des allèles RO33 a indiqué plus de similarité avec les isolats d'Afri