Detection and quantification of Chilean strains of infectious pancreatic necrosis virus by real-time RT-PCR assays using segment B as a target

Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) is the causal agent of a highly prevalent disease that affects salmonid fish, mostly during their fresh water life period. Like many other viruses, IPNV produces highly heterogeneous populations. Therefore, diagnostic methods need to be checked constantly so that no variants of the virus escape detection. The IPNV genome is composed of two double-stranded RNA segments: A and B, polymerase chain reaction (PCR) methods normally use segment A as a target. In order to develop an optimized protocol to diagnose IPNV, we present a real-time RT-PCR (reverse transcription) technique, using primers designed to recognize segment B of the virus. To validate the ubiquity of the primers used, the IPNV isolates tested were sequenced and compared with previously published cladograms, which include a wide spectrum of genogroups. These primers made it possible to detect viral isolates belonging to genogroups 1 and 5, which were obtained from different locations linked to fish farming. As expected, we were able to detect the virus from distant Aquabirnavirus genogroups.Original Abstract: El virus de la necrosis pancreatica infecciosa (IPNV) es el agente causal de una enfermedad altamente prevalente que afecta a peces salmonidos, principalmente durante su periodo de vida en agua dulce. IPNV, asi como muchos otros virus, produce poblaciones altamente heterogeneas. Por lo tanto los metodos de diagnostico necesitan ser constantemente revisados para evitar que ciertas variantes del virus escapen de la deteccion. El genoma del IPNV esta compuesto por dos segmentos de ARN de doble hebra, A y B, los metodos de PCR (reaccion en cadena de la polimerasa) normalmente usan el fragmento A como blanco. Con el proposito de generar un protocolo optimizado para el diagnostico del IPNV, se presenta una tecnica de RTPCR (transcripcion reversa-) en tiempo real, usando partidores disenados para reconocer el segmento B del virus. Para validar la universalidad de los partidores utilizados, los aislados del IPNV probados fueron secuenciados y comparados con cladogramas previamente publicados, los cuales incluyen un amplio rango de genogrupos. Con estos partidores fue posible detectar aislados virales pertenecientes a los genogrupos 1 y 5, provenientes de distintas localidades relacionadas con el cultivo de peces. Como se esperaba, se logro detectar virus pertenecientes a genogrupos distantes de Aquabirnavirus.