PRUEBA PILOTO: ANÁLISIS METAGENÓMICO DEL MICROBIOMA EN MUESTRAS DE PACIENTES CON CÁNCER COLORRECTAL PARA LA DETERMINACIÓN DE NUEVOS BIOMARCADORES

El cáncer colorrectal (CCR) es la segunda causa oncológica de muerte en Argentina. La asociación entre CCR y microbioma fecal alterada se reconoce cada vez más como potencial para la determinación de nuevos biomarcadores de valor diagnóstico, pronóstico y/o terapéutico. El objetivo de este trabajo es caracterizar y comparar resultados entre diferentes métodos de conservación y análisis del microbioma en muestras de voluntarios sanos y pacientes con CCR recolectadas en el Hospital Italiano de Buenos Aires. Localmente, las muestras se almacenaron a -80 °C y se secuenciaron las regiones V3-V4 del gen ARNr 16S en un IlluminamiSeq. En la Universidad de Leeds, las muestras se almacenaron a temperatura ambiente en gFBOT y se secuenció la región V4 del ARNr 16S en un IlluminaHiSeq. El análisis bioinformático se realizó utilizando Qiime2 (2020.2) y LefSe. Se compararon los taxones a nivel de phylums representativos de ambos grupos, no detectando diferencias en la abundancia relativa de Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Virrumicrobia y Actinobacterias. A nivel de género encontramos mayor riqueza en las muestras locales frente a las de referencias (370 vs. 239 OTUs), debido a la mayor cobertura obtenida por el análisis de una región adicional (V3-V4 vs. V4) que nos permitió obtener una mayor resolución de los niveles taxonómicos presentes en las muestras analizadas. En este estudio pudimos obtener resultados comparables, a pesar de modificar el método de almacenamiento y secuenciación. Para validar estos resultados preliminares se necesitan evaluar muestras adicionales.