Late Pliocene population divergence and persistence despite Pleistocene climatic fluctuations in the Rio Doce snouted Treefrog (Ololygon carnevallii)

The causes of population genetic divergence within the Atlantic Forest of South America are diverse. For example, studies have pointed to the importance of regions of stable suitable habitat throughout the Pleistocene, large rivers acting as biogeographic barriers, as well as changes in elevation. Here, we generate a phylogeographic dataset for the Rio Doce Snouted Treefrog (Ololygon carnevallii), a species that is endemic to a narrow portion of the Atlantic Forest. Gene‐tree analyses demonstrate that this species is composed of three distinct lineages that diverged from one another during the Pliocene. Ecological niche models projected to climate during the Pleistocene and mid‐Holocene suggest that regions of suitable habitat would have shifted through time since the last glacial maximum, and regions of stable habitat were identified. Using generalized dissimilarity modeling, we find no association between genetic divergence and ecological niche models, riverine barriers, elevation, slope, or current climate suggesting that none of these variables have been responsible for lineage formation in the Rio Doce Snouted Treefrog. We suggest that additional phylogeographic studies of narrowly endemic species within the Atlantic Forest are needed to better understand the drivers of diversification and accumulation of biodiversity. Resumo A divergência genética populacional de vários organismos na Mata Atlântica é resultado de diversas causas. Por exemplo, estudos têm apontado para a importância de regiões com habitat adequado estável ao longo do Pleistoceno, grandes rios atuando como barreiras biogeográficas, bem como mudanças na topografia. Neste trabalho nós geramos um conjunto de dados filogeográficos para a Perereca‐de‐Inverno‐do‐Rio‐Doce (Ololygon carnevallii), uma espécie que é endêmica de uma porção estreita da Mata Atlântica. Análises de árvores de gene demonstram que esta espécie é composta por três linhagens distintas que divergiram durante o Plioceno. Os modelos de nicho ecológico projetados no Pleistoceno e Holoceno médio sugerem que as regiões de habitat adequado teriam mudado ao longo do tempo desde o último máximo glacial, e então as regiões de habitat estável foram identificadas. Usando uma modelagem de dissimilaridade generalizada não encontramos associação entre divergência genética e modelos de nicho ecológico, rios como barreiras, elevação, declive ou clima atual, sugerindo que nenhuma dessas variáveis foi responsável pela formação das linhage