Моделирование иерархического фолдинга белков в простой решеточной модели с помощью кластерного метода Монте-Карло

Исследована роль специфических коллективных движений и динамики кластеров в фолдинге белков с использованием про­стых двухмерных решеточных моделей. Проведен сравнитель­ ный анализ фолдинга пептидов с иерархической и неиерархиче­ской структурой. Моделирование осуществляли с помощью трех методов: стандартного метода Монте-Карло с локаль­ним набором движений, стандартного метода с неспецифиче­скими коллективными вращениями и кластерного метода Монте-Карло (CMC), предложенного авторами для реали­стичного описания динамики кластеров. Показано, что пути и кинетика иерархического фолдинга не могут быть адекват­но описаны стандартными методами. В этом случае учет кластерной динамики в методе CMC выявляет важные осо­бенности иерархического фолдинга. Обнаружено, что для реалистичного моделирования иерархического фолдинга должны использоваться методы, учитывающие специфические коллек­тивные движения.