The MeloTuber Test: a real-time TaqMan® PCR-based assay to detect the root-knot nematodes Meloidogyne chitwoodi and M. fallax directly in potato tubers

Potato is one of the many important hosts for the root‐knot nematodes Meloidogyne chitwoodi and M. fallax that can infest roots as well as tubers. In the latter they may cause surface galls and necrotic spots below the skin. In the EU these pathogens are categorized as quarantine organisms and are therefore regulated. Phytosanitary measures (PMs) are implemented and one aspect involves diagnostic procedures to detect these pathogens. To date, visual screening of external and internal symptoms is combined with the specific identification of these pests, either through microscopy, biochemical or molecular tests. A disadvantage of all these tests is the requirement of the prior extraction of nematodes from the tubers, which is not suitable for high‐throughput screening. This paper describes the MeloTuber Test developed to simultaneously detect M. chitwoodi and M. fallax by triplex real‐time TaqMan® PCR directly in secondary potato tuber peelings. DNA extraction is carried out in a 96‐well plate of pooled secondary peelings from one hundred tubers. The analytical sensitivity is such that a single female can be readily detected in such a sample size. The validation data, described here, prove the suitability of this molecular test for the detection of M. chitwoodi and M. fallax in large scale screening tests. Le test MeloTuber: un test PCR TaqMan® en temps réel pour la détection des nématodes à galle Meloidogyne chitwoodi et M. fallax directement dans les tubercules de pommes de terre La pomme de terre est l'un des hôtes importants des nématodes à galle Meloidogyne chitwoodi et M. fallax, capables d'infester les racines tout comme les tubercules. Dans ces dernières, ils sont susceptibles de causer des galles de surface ainsi que des taches nécrotiques sous‐cutanées. En Europe, ces agents pathogènes sont des organismes de quarantaine et sont donc réglementés. Des mesures phytosanitaires sont mises en œuvre, parmi lesquelles et cela implique notamment des procédures de diagnostic pour détecter ces pathogènes. A ce jour, une inspection visuelle des symptômes externes et internes est associée à l'identification spécifique de ces organismes, par un examen microscopique ou des tests biochimiques ou moléculaires. Un des inconvénient de l'ensemble de ces tests est de nécessiter l'extraction préalable des nématodes des tubercules, ce qui n'est pas compatible avec des tests de dépistage à haut débit. Cet article décrit le test MeloTuber, qui a été mis au point pour détec