がん研究における公開データセットの活用 ～腫瘍免疫のPan-Cancer Analysis

「抄録」現在, がんに関してさまざまなゲノムワイドな解析を行ったデータセットが公開されている. 最近我々は, 公開データセットだけを用いて免疫チェックポイント阻害剤(ICI)の感受性を予測するプログラムを作成した. まずThe Cancer Genome Atlasのpan-cancer固形がんの全エクソンシークエンシングデータを解析し, それらの腫瘍がmutational signatureによって8種類のgenomic subtypeに分類できることを見出した. うち5種類は腫瘍免疫活性が高く, それらをimmuno-responsive genomic subtype(irGS)と名付けた. そして腫瘍の全エクソンシークエンシングデータから, 腫瘍がirGSか否かを判定するGS-PRACTICEを開発し, ICIを投与した腫瘍にあてはめて検証したところ, ICIの効果を予測できることがわかった. このように, 公開データセットはがん研究において非常に役立ち, その活用が推奨される.