臨床検査室におけるナノボアシーケンシング技術を用いた新型コロナウイルス感染症の疫学的解析実用化に向けての取り組み

「要旨」新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の世界的パンデミックにより, 医療機関において新興感染症に対する検査体制を整備することの重要性が再認識された. 特に短期間で変異を繰り返すSARS-CoV-2のモニタリングとして, 次世代シークエンス (NGS) 解析が非常に有効なツールであることが立証された. 国内におけるCOVID-19に対するPCR検査体制は, 迅速かつ操作性が簡便な自動PCR装置の普及により, 早期診断と迅速な感染対策が可能となったものの, ゲノム解析実施数は世界的に見ても少なく, 積極的疫学調査が十分行えているとは言えない. 今後COVID-19を含めた新興感染症の流行を正確に把握し適切な感染対策を講じるためには, 変異の発生や頻度を可能な限り早期に把握するため, ゲノム解析を通じたウイルス変異株の同定と分析を迅速に行う体制整備が求められている. 今回, 我々は院内臨床検査室でも実施可能な全ゲノム解析アプローチの手法を構築することを目的として, 高性能でありながら低コスト・簡便性の特徴を持つOxford Nanopore社のMinIONを用いて, 日常業務において実践可能な全ゲノム解析のためのプロトコール作成に取り組んだ. 実験材料の入手や感染症遺伝子検査に精通した人材の育成などの課題はあるものの, 臨床検査室の日常業務にシーケンシング技術を取り込むことにより, 新興感染症の疫学解析に貢献するのみならず, 細菌の同定や薬剤耐性菌の遺伝子学的解析など今後さらなる臨床微生物学への応用が期待される.