Grouping of potato isolates of PVY based on the 5'-UTR nucleotide sequence [Solanum tuberosum L.; Nicotiana tabacum L.]

Potato isolates of Potato virus Y (PVY) were divided into two major groups based on nucleotide sequence homology in the 5'-end region of their genomes. Several characteristic nucleotide modifications differentiated the two virus groups. Sequence similarity within members of each group was 89-100%, whereas between members of the respective groups there was sequence divergence of up to 33%. The two groups were distinguished by restriction cleavage of the virus PCR products elicited by group-specific restriction endonucleases: Xho II and Nsp I (group I) and Mbo II, Fok I and Nco I (group II). The sites of the first three enzymes (group I-specific) were sequentially positioned so that a sequence of 16 nucleotides preceding the ATG codon could be determined in this way. Group I included members of the tobacco necrotic (N) and non-necrotic (O) strains of PVY, whereas the potato tuber necrotic isolate NTN-H belonged to the second group, which included also non-tuber and tobacco leaf necrotic members. It seems therefore that the biological characteristics of the tuber or tobacco leaf necrosis are not related to nucleotide modifications at the 5'-UTR, but rather to group-specific differences [Isolati di patata del Virus Y della patata (PVY) sono stati suddivisi in due gruppi principali basati sulla sequenza nucleotidica nella regione terminale 5' del loro genoma. Numerose modificazioni nucleotidiche caratteristiche differenziavano i due gruppi di virus. La somiglianza delle sequenze entro i membri di ogni gruppo era dell'89-100%, mentre fra i membri dei rispettivi gruppi esisteva una divergenza delle sequenze fino al 33%. I due gruppi erano distinti dalla rottura della restrizione dei prodotti della PCR determinata da endonucleasi di restrizione gruppo-specifiche: Xho II e Nsp I (gruppo I) e Mbo II, Fok I e Nco I (gruppo II). I siti dei primi tre enzimi (specifici del gruppo I) erano posizionati sequenzialmente, cosicché è stato possibile determinare una sequenza di 16 nucleotidi che precedevano il codone ATG. Il gruppo I comprendeva ceppi di PVY necrotici (N) e non necrotici (O) per il tabacco, mentre l'isolato necrotico NTN-H per il tubero di patata apparteneva al secondo gruppo, che comprendeva pure membri non necrotici per il tubero e necrotici per la foglia di tabacco. Sembra perciò che le caratteristiche biologiche della necrosi del tubero o della foglia di tabacco non siano in rapporto con le modificazioni all'UTR 5', ma piuttosto a differenze gruppo-specifi