Genomska tipizacija i filogenetska analiza izolata pasjeg parvovirusa izdvojenih u državi Odisha u Indiji

Pasji parvovirus tip 2 (PPV-2) ima tri glavne antigenske varijante: PPV-2a, PPV-2b i PPV-2c. Radi razumijevanja njegove evolucije i razvijanja učinkovitih mjera suzbijanja potrebno je istražiti njegove mutante iz različitih geografskih područja. U ovom je radu lančanom reakcijom polimerazom bio pretražen 71 uzorak fecesa i 12 uzoraka krvi pasa sa sumnjom na parvovirusnu infekciju u državi Odisha u Indiji. Postupak dobivanja fekalnog lizata brzim ključanjem pri 100 °C pokazao se osjetljivijim u odnosu na ekstrakciju DNA iz uzoraka fecesa fenol-kloroformom. Rezultati su pokazali da je od 71 pretraženog uzorka fecesa 29 bilo pozitivnih (583 bp umnožak), a od 12 pretraženih uzoraka krvi sedam pozitivnih s različitim nalazima kod istih slučajeva, što govori da je za postavljanje dijagnoze potrebno pretražiti oba uzorka od iste životinje. Cijepanje odsječka 583 bp restrikcijskim enzimom MboII (PCR-RFLP) pokazalo je da izdvojeni soj ne pripada PPV-2c. Daljnjim sekvencioniranjem fragmenata od 583 bp pokazalo se da izolat pripada mutiranoj varijanti PPV-2a. Zanimljivo je da je u 11 pozitivnih uzoraka fecesa usporedno s fragmentima od 583 bp bila dokazana i prisutnost mutanta PPV-2a s fragmentom od 525 bp što iziskuje daljnju karakterizaciju. Te dvije varijante PPV-2a svrstane su u zajedničku skupinu u filogenetskom stablu, različitu od PPV-2b i PPV-2c. Naši rezultati potvrđuju dinamiku promjena varijanata PPV s naglaskom na važnost istraživanja za razumijevanje njegove epizootiologije.