Use of chloroplast microsatellites to differentiate oak populations

The possibility to use chloroplast microsatellites (cpSSRs) instead of restriction analysis of PCR-amplified DNA fragments to differentiate oak populations was tested in two economically important tree species: Quercus petraea and Quercus robur. The level and pattern of inter- and intraspecific cpDNA variation were studied over 48 French populations using a total of 24 cpSSR loci. The same pattern of low intrapopulation diversity and high population differentiation was noted with both types of markers, since there was an almost total redundancy of haplotypes identified with both techniques. Overall, our results indicate that chloroplast microsatellites can be used for haplotype discrimination in many contexts including certification or traceability of oak material. Utilisation des microsatellites chloroplastiques pour différencier des populations de chênes. Nous avons cherché à comparer l'efficacité de deux types de marqueurs chloroplastiques, les marqueurs microsatellites (cpSSR) et marqueurs PCR-RFLP (cpRFLP), à différencier des populations de chênes sessiles et pédonculés, deux espèces d'arbres forestiers économiquement importantes. Le niveau et la structuration de la diversité inter et intra-spécifique ont été mesurés au sein de 48 populations françaises au travers de l'analyse de 24 microsatellites chloroplastiques. Une faible diversité intra-population, ainsi qu'une forte différenciation des populations de chênes ont pu être mesurées à l'aide des deux types de marqueurs, du fait d'une redondance quasi-complète des haplotypes identifiés par les deux techniques. Nos résultats indiquent donc que les marqueurs microsatellites chloroplastiques peuvent être utilisés pour la distinction d'haplotypes et de populations de chênes dans le cadre de la certification ou de la traçabilité de matériel forestier (graines, plants, bois).