Une histoire plurimillénaire de la peste exhumée par les sciences archéologiques

Isolé en 1894, l’agent pathogène Yersinia pestis a de longue date été considéré comme la cause probable de deux grandes pandémies historiques, qui ont respectivement frappé l’Europe ente le vie et le viiie siècle puis entre le xive et le xviiie siècle. D’autres hypothèses diagnostiques ont toutefois été avancées, sans qu’il soit possible de trancher de manière définitive sur la base de l’étude des seules sources historiques. À cet égard, les données issues de l’archéologie sont, ces dernières années, venues éclairer d’un jour nouveau nos connaissances sur ces crises de mortalité et, plus généralement, sur l’histoire ancienne de la peste. L’identification de sites funéraires en lien avec ces pandémies, sur la base d’indices archéologiques et paléobiologiques, a notamment offert une opportunité unique de rechercher les traces moléculaires de l’agent pathogène causal au sein des squelettes qui en furent exhumés. Ces travaux paléogénomiques, en permettant l’identification répétée du bacille pesteux, ont ainsi démontré l’unicité étiologique des trois pandémies historiques. Élargies à l’étude d’ensembles funéraires plus anciens, ces analyses ont en outre conduit à la reconnaissance de cas de peste humaine néolithiques et protohistoriques, faisant ainsi remonter de plusieurs millénaires en arrière nos connaissances sur l’histoire de la maladie. L’étude du génome des souches bactériennes incriminées a par ailleurs mis en évidence que les plus anciennes étaient probablement incapables de se transmettre d’hôte en hôte par l’intermédiaire d’ectoparasites vecteurs, et elle a révélé la cohabitation de deux lignées distinctes du bacille en Eurasie durant l’âge du Bronze, dont une seule pouvait causer une peste bubonique. Les données phylogénétiques acquises, couplées au données paléobiologiques informatives sur la sélectivité biologique de la maladie (suivant l’âge, le sexe ou l’état de santé préexistant des individus), permettent ainsi peu à peu de retracer l’histoire évolutive de l’agent pathogène et les changements qu’a connus l’épidémiologie de la maladie au fil des siècles.