A phylogeny of Drosophilidae using the Amyrel gene: questioning the Drosophila melanogaster species group boundaries

In this study, the phylogenetic relationships of 164 species of the family Drosophilidae are discussed, using the Amyrel gene, a member of the α‐amylase multigene family. This study focuses on numerous species groups in the subgenera Sophophora and Drosophila of the genus Drosophila but also includes other closely related genera. Nucleotide data were analysed by several methods: maximum parsimony, neighbour joining, maximum likelihood and Bayesian inference. Heterogeneity of base composition (mainly low GC contents in the species groups willistoni and saltans) has been addressed. In all analyses, the genus Drosophila appeared paraphyletic. The subgenus Sophophora clearly appeared to be a monophyletic group, showing well‐resolved clades, with the Neotropical groups arising in a basal position. Here, it is proposed to raise the species subgroups ananassae and montium to the rank of species group, and to restrict the melanogaster species group to the melanogaster subgroup plus the ‘Oriental’ subgroups, among which the suzukii subgroup is polyphyletic. Some related genera such as Zaprionus, Liodrosophila, Scaptomyza and Hirtodrosophila are clustered with, or inside the subgenus Drosophila, which is therefore paraphyletic and should be reviewed. Résumé Cette étude analyse les relations phylogénétiques chez les Drosophilidae. Nous avons utilisé le gène Amyrel, un paralogue éloigné de la famille multigénique des alpha‐amylases, sur 164 espèces, en essayant d'avoir un bon échantillon sur de nombreux groupes d'espèces de Drosophila et quelques genres voisins. Les séquences nucléiques ont été analysées en maximum de parcimonie, neighbor joining, et avec des méthodes probabilistes. Nous avons tenu compte de l'hétérogénéité de composition (surtout la faible teneur en GC dans les groupes willistoni et saltans). Nos résultats montrent que le genre Drosophila est paraphylétique; et si le sous‐genre Sophophora apparaît monophylétique, le sous‐genre Drosophila est paraphylétique, certains genres distincts y étant inclus. Nous proposons d’élever au rang de groupes d'espèces les sous‐groupes ananassae et montium, et de limiter le groupe melanogaster au sous‐groupe melanogaster et aux sous‐groupes « orientaux ».