Improving biodiversity assessment of anuran amphibians using DNA barcoding of tadpoles. Case studies from Southeast Asia

Amphibian populations are dramatically declining, while their inventory is far from being achieved. Tadpoles are usually overlooked from biodiversity survey, whereas their consideration will optimize species counts and knowledge of their ecological and developmental requirements is essential in conservation planning. Two mitochondrial markers, 16S (397 new sequences obtained) and COI (343 new sequences obtained), are used to test DNA barcoding on a set of larval and adult Asian amphibians represented by 83 recognized species from 65 sites. The advantages and drawbacks of each marker are assessed, COI barcoding being advocated for global DNA barcoding, whereas 16S suits for taxonomically or geographically restricted DNA barcoding. About half of the collected tadpoles were badly identified or incompletely named in the field. All tadpole sequences (except one case of probable introgressive hybridization) were correctly assigned to their respective species. Finally six clusters of tadpole sequences without conspecific adults were revealed, stressing the importance of collecting and taking into account tadpoles in biodiversity survey and conservation planning. Les populations d’amphibiens déclinent considérablement, alors que leur inventaire est loin d’être terminé. Les têtards sont habituellement omis des études de biodiversité, alors que leur prise en compte optimiserait le comptage des espèces et que la connaissance de leurs exigences écologiques et développementales est essentielle pour les plans de conservation. Deux marqueurs mitochondriaux, le 16S (397 nouvelles séquences obtenues) et le COI (343 nouvelles séquences obtenues), sont employés pour tester l’emploi du barcode ADN sur un ensemble de têtards et d’adultes d’amphibiens du Sud-Est asiatique, représentant 83 espèces décrites collectées dans 65 sites différents. Les avantages et les inconvénients de chacun des marqueurs sont estimés, le COI étant préconisé pour un barcode ADN à grande échelle tandis que le 16S convient à des jeux de données limités taxinomiquement ou géographiquement. Environ la moitié des têtards collectés ont été mal ou incomplètement déterminés sur le terrain. Toutes les séquences larvaires (à l’exception d’un cas probable d’hybridation introgressive) ont été correctement assignées à leur espèce respective. Enfin, six clusters de séquences larvaires ne se groupent avec aucune séquence d’adulte, ce qui souligne l’importance de la prise en compte des têtards dans les études de bio