QTLs identification for characteristics of the root system in upland rice through DNA microarray/Identificacao de QTL para caracteristicas do sistema radicular em arroz de terras altas por meio de microarray

The aim of this work is the construction of a genetic map and identification of quantitative trait loci (QTLs) that control characteristics of the root system of rice. We evaluated a [F.sub.2:3] population composed of 150 families from the cross between the varieties IAC 165 X BRS Primavera. Genotyping was performed in the [F.sub.2] population using 3,742 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers. The evaluation of the root system in the [F.sub.3] population was performed through a large-scale phenotyping method based on image generation with a CI-600 root scanner and on quantification through the WinRhizo® software. The experiment was arranged in a randomized block design with three replications performed under greenhouse. The variables analyzed were root length, root surface area and root volume at the depths of 5 to 25 cm and 25 to 45 cm. The SNP markers analysis allowed the construction of the genetic map with a full length of 1424 cM. The linkage group with the largest coverage area was number 3 with 270 cM (100 SNPs), followed by linkage group 1 with 249 cM (170 SNPs) and linkage group 2 with 163 cM (99 SNPs). The genetic analysis allowed the detection of QTLs for all the characteristics. Keywords: genomic, Oryza sativa L., DNA chip, QTL mapping, abiotic stress. Este trabalho objetivou a construcao de um mapa genetico e identificacao de locos de caracteristicas quantitativas (QTLs) que controlam caracteristicas do sistema radicular do arroz. Foi avaliada uma populacao [F.sub.2:3] composta de 150 familias a partir do cruzamento entre as variedades IAC 165 x BRS Primavera. A genotipagem foi realizada na populacao [F.sub.2] utilizando 3.742 marcadores SNP (Polimorfismo de um Unico Nucleotido). A avaliacao do sistema radicular nas populacoes [F.sub.3] foi realizada atraves de fenotipagem em larga escala baseada na geracao de imagem com scanner raiz CI-600 e na quantificacao atraves do software WinRhizo®. Foi realizado experimento em delineando blocos casualizados, em casa de vegetacao com tres repeticoes. Foram consideradas as variaveis comprimento, area de contato da raiz e volume nas profundidades de 5 a 25 cm e 25 a 45 cm. A analise dos marcadores SNP permitiu a construcao de um mapa genetico com comprimento total de 1424 cM. O grupo de ligacao com maior area de cobertura foi o numero 3 com 270 cM (100 SNPs), seguido pelo grupo de ligacao 1, com 249 cM (170 SNP), e 2 com 163 cM (99 SNP). A analise genetica permitiu a deteccao de QTL para todas as c