An alternative mechanism of translation initiation used by many positive-strand RNA viruses to drive their protein

Chez la plupart des ARN messagers (ARNm) cellulaires, l'initiation de la synthèse protéique (traduction) se déroule après la fixation de la sous-unité ribosomique 40S sur l'extrémité 5' coiffée de l'ARNm. L'interaction entre l'extrémité 5' coiffée et l'extrémité 3' polyadénylée (poly-A) de l'ARNm stimulant ce mécanisme, il a été suggéré que l'initiation de la traduction se faisait sur une molécule d'ARNm circularisée grâce à des interactions protéines-protéines et protéines-ARN. Certains ARNm viraux n'entrent pas dans ce modèle. Leur traduction est amorcée par entrée directe et interne des sous-unités ribosomiques 40S sur l'ARN, ce mécanisme alternatif étant indépendant de l'extrémité 5' de l'ARN. C'est le cas des picornavirus et, parmi les flavivirus, des pestivirus et du virus de l'hépatite C, dont les ARN portent un segment d'entrée interne des ribosomes (IRES). Malgré les faibles similarités de séquence existant entre les différents IRES, on observe une forte conservation des structures secondaires. Cependant, chaque IRES possède ses propres caractéristiques structurales et fonctionnelles, ce qui a permis leur classement en différents groupes. La traduction par initiation interne est stimulée en présence de protéines autres que celles du complexe de préinitiation de la traduction, et de grands efforts ont été faits pour caractériser les interactions fonctionnelles entre les IRES et les protéines. Malgré le besoin en de tels facteurs non canoniques, la traduction de la plupart des ARN viraux possédant un IRES nécessite les mêmes facteurs canoniques d'initiation que la traduction des ARNm cellulaires classiques. Les seules différences sont observées dans les formes actives de ces facteurs canoniques d'initiation et dans le rôle joué par chaque participant dans ce processus