Characterization and chimeric structure of a family of integrative and potentially conjugative elements from Streptococcus thermophilus [site-specific recombination, conjugation, horizontal transfer]

Un element de 34,7 kb, ICESt1, est integre dans l'extremite 3' du locus fda de Streptococcus thermophilus CNRZ368. ICESt1 s'excise par recombinaison site-specifique entre des sequences identiques de 27 pb flanquant l'element. ICESt1 code une integrale necessaire a cette excision. Onze des ORF d'ICESt1 codent des proteines apparentees a celles codees par divers elements conjugatifs de bacteries Gram positives a bas G + C. ICESt1 serait donc un element conjugatif a integration site-specifique (ICE). La comparaison des proteines codees par ICESt1 et le genome sequence de Bacillus subtilis 168 a revele un ICE de 20,5 kb, ICEBs1. L'analyse des sequences d'ICESt1, ICEBs1, Tn916 et Tn5252 revele des echanges de modules entre elements conjugatifs integratifs, transposons conjugatifs et prophages. Par ailleurs, 4 types d'elements apparentes a ICESt1 d'une taille de 12,8 a 26,1 kb (IE) sont integres exactement au meme site qu'ICESt1 chez 7 autres souches de S. thermophilus. Seul, IE385 serait un ICE. Les autres elements ne semblent ni conjugatifs ni integratifs. Les hybridations entre elements et le sequencage partiel montrent que chacun des elements possede une structure chimerique complexe associant des regions d'origines differentes. L'extremite gauche d'IE19258 est identique a un site de recombinaison interne d'ICESt1, attL', mais ne presente que 57 % d'identite avec son extremite gauche. La recombinaison site specifique entre attL'et l'extremite droite attR d'ICESt1 conduit a l'excision d'une forme circulaire de la region comprise entre les 2 sites. Ceci indique qu'ICESt1 serait constitue de 2 elements: un IE compris entre attL et attL' et un element conjugatif integratif de 28,2 kb compris entre attL' et attR, ICESt2, qui se serait integre a la frontiere de l'IE et l'aurait mobilise