FUNCTION-BASED GENE DISCOVERY

The present invention relates generally to the field of genomics. More particularly, the present invention relates to methods for function-based gene discovery. Genes are identified as having or being associated with a specific function, as participating in a specific functional pathway, or as being a member of a specific functional group, by functional expression in one or more biological readout assays. This invention is based, at least in part, on the recognition that the signal-to-noise ratio of a readout assay used to screen a cDNA library can be significantly enhanced by methods which localize multiple molecular copies of each unique clone into discrete regions or compartments prior to functional expression. In one embodiment, this invention provides methods for in situ transfection of a sorted library in a "bar-coded" vector to carry out expression of genes from libraries being screened in readout cells. It is the ability to detect a biological readout in a readout cell line which enables the user to identify genes having specific functions. The methods set forth herein are suitable for application in a high throughput format for identification of genes and their functions simultaneously. La présente invention se rapporte plus généralement à l'étude des génomes. Elle se rapporte en particulier à de procédés de découverte de gènes fonctionnels. Les gènes sont identifiés comme possédant ou étant associés à une fonction spécifique, comme participant à une voie fonctionnelle spécifique, ou comme étant un élément d'un groupe fonctionnel spécifique, par expression fonctionnelle dans un ou plusieurs dosages de lecture biologique. L'invention est fondée, au moins en partie, sur la constatation selon laquelle le rapport signal/bruit de dosages de lecture mis en oeuvre pour cribler une bibliothèque d'ADNc peut être considérablement amélioré par des procédés qui localisent de multiples copies moléculaires de chaque clone unique à l'intérieur de zones ou compartiments discrets avant la réalisation de l'expression fonctionnelle. Dans une forme de réalisation, on met en oeuvre des procédés de transfection in situ d'une bibliothèque triée dans un vecteur "indexé" pour réaliser l'expression des gènes à partir de bibliothèques soumises à un criblage dans des cellules de lecture. C'est l'aptitude à déceler une lecture biologique dans une ligne cellulaire de lecture qui permet à l'usager d'identifier des gènes ayant des fonctions spécifiques. Les procédés de l'inventi