METHODS FOR MITIGATION OF METHYLATION BIAS

Methods for mitigation of methylation bias during preparation of sequencing libraries are described. The methods may comprise, e.g., extracting DNA fragments from a sample; performing at least one of: (i) a first end repair reaction, where the first end repair reaction comprises the use of a non-strand-displacing DNA polymerase; or (ii) a second end repair reaction, where the second end repair reaction comprises the use of a chain termination mechanism; performing at least one of: (iii) a tailing reaction to add an overhanging polynucleotide strand to the end-repaired DNA fragments, where the tailing reaction comprises the use of a single deoxynucleotide triphosphate (dNTP); or (iv) a nick/gap repair reaction using a DNA ligase to fill in single- stranded nicks or gaps in the end-repaired DNA fragments, to generate a plurality of modified DNA fragments; and performing methylation analysis of nucleic acid molecules derived from the plurality of modified DNA fragments. L'invention concerne des procédés d'atténuation du biais de méthylation pendant la préparation de bibliothèques de séquençage. Les procédés peuvent comprendre, par exemple, l'extraction de fragments d'ADN d'un échantillon ; la réalisation d'au moins l'un des éléments suivants : (i) une première réaction de réparation d'extrémité, la première réaction de réparation d'extrémité comprenant l'utilisation d'une ADN polymérase sans déplacement de brin ; ou (ii) une seconde réaction de réparation d'extrémité, la seconde réaction de réparation d'extrémité comprenant l'utilisation d'un mécanisme de terminaison de chaîne ; la réalisation d'au moins l'un parmi : (iii) une réaction de queue destinée à ajouter un brin polynucléotidique en extension aux fragments d'ADN réparés en bout, la réaction de queue comprenant l'utilisation d'un seul désoxynucléotide triphosphate (dNTP) ; ou (iv) une réaction de réparation de césure/espacement à l'aide d'une ADN ligase pour remplir des césures ou des espacements simple brin dans les fragments d'ADN réparés en bout, pour générer une pluralité de fragments d'ADN modifiés ; et effectuer une analyse de méthylation de molécules d'acide nucléique dérivées de la pluralité de fragments d'ADN modifiés.