METHODS AND COMPOSITIONS FOR DNA LIBRARY PREPARATION AND ANALYSIS

Provided are DNA library preparation methods and compositions that duplicate a target nucleic acid sequence. A target DNA template including the target sequence is circularized via an end adapter to form a circular construct, which is bidirectionally extended by a polymerase-mediated extension that is initiated at nick sites of the end adapter. Following polymerase-mediated extension, a double-length DNA template is formed that includes two copies of the target DNA template (and hence two copies of the target sequence). Each strand of the double-length DNA template includes a parental polynucleotide strand joined to a newly synthesized daughter strand copy of the parental polynucleotide strand. Predetermined sequences can be included in the double-length DNA template, such a primer sequences, unique molecule identifiers, and sequence indexes. Sequencing of the double-length DNA template can reveal genetic/epigenetic information associated with the target sequence. Also provided are methods to create asymmetric and multi-length DNA template constructs. La présente invention concerne des procédés de préparation de banque d'ADN et des compositions qui dupliquent une séquence d'acide nucléique cible. Une matrice d'ADN cible comprenant la séquence cible est circularisée via un adaptateur d'extrémité pour constituer une construction circulaire, qui est étendue de manière bidirectionnelle par une extension médiée par la polymérase qui est initiée au niveau des sites de coupure de l'adaptateur d'extrémité. Après l'extension médiée par la polymérase, une matrice d'ADN à double longueur est constituée, qui comprend deux copies de la matrice d'ADN cible (et donc deux copies de la séquence cible). Chaque brin de la matrice d'ADN à double longueur comprend un brin de polynucléotide parental relié à un brin fille nouvellement synthétisé, copie du brin de polynucléotide parental. Des séquences prédéterminées peuvent être incluses dans la matrice d'ADN double longueur, telles que des séquences d'amorces, des identificateurs de molécules uniques et des index de séquences. Le séquençage de la matrice d'ADN à double longueur peut révéler des informations génétiques/épigénétiques associées à la séquence cible. L'invention concerne également des procédés pour créer des constructions de matrice d'ADN asymétrique et multilongueur.