SYSTEM AND METHOD FOR DECONVOLUTION OF BREAST TISSUE AND BREAST MILK CELL PROPORTIONS USING REFERENCE DNA METHYLATION PROFILES

This invention provides a system and method for use of a library for reference-based deconvolution of breast tissue and/or breast milk DNA methylation data assayed using the Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip. A library is accessed, containing information related to an estimate of relative proportions of epithelial cells, endothelial cells, fibroblasts, adipocytes, B cells, CD4+ T cells, CD8+ T cells, NK cells, monocytes, and neutrophils associated with the breast tissue and/or breast milk. The library is applied to diagnosis and treatment of a medical condition based upon patient information obtained from a sample of patient breast tissue and/or breast milk. La présente invention concerne un système et un procédé destinés à l'utilisation d'une bibliothèque pour une déconvolution à base de référence de données de méthylation d'ADN de tissu mammaire et/ou de lait maternel testées à l'aide de la puce Illumina Infinium Methylation EPIC BeadChip. On accède à une bibliothèque contenant des informations relatives à une estimation de proportions relatives de cellules épithéliales, de cellules endothéliales, de fibroblastes, d'adipocytes, de lymphocytes B, de lymphocytes T CD4 +, de lymphocytes T CD8 +, de cellules NK, de monocytes et de neutrophiles associés au tissu mammaire et/ou au lait maternel. La bibliothèque est appliquée au diagnostic et au traitement d'un état pathologique sur la base d'informations de patient obtenues à partir d'un échantillon de tissu mammaire et/ou de lait maternel de patient.