METHOD AND KIT FOR DETECTING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS (SNP) BY LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION (LAMP)

The present invention provides methods for detecting and/or distinguishing one or more single nucleotide polymorphisms (SNPs) in a target nucleic acid sequence in a sample, the method comprising: providing a first oligonucleotide probe complimentary to a wild-type target sequence, wherein the first oligonucleotide probe comprises a fluorescent label bound to an internal cytosine base and wherein said oligonucleotide probe does not have a 3' end terminator; amplifying a target nucleic acid sequence in the sample to provide an amplified nucleic acid by a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) in a reaction vessel with the first oligonucleotide probe and a second probe or intercalating dye and blank oligo, and probing the amplified nucleic acid sequence; detecting the presence of the target wild-type and/or a mutant nucleic acid sequence; and d) distinguishing between the presence of the target wild-type and/or mutant nucleic acid sequence based on the fluorescent labeling. The invention also provides a kit for detecting nucleotide polymorphisms in a target nucleic acid in a sample. La présente invention concerne des procédés de détection et/ou de distinction d'un ou de plusieurs polymorphismes mononucléotidiques (SNP) dans une séquence d'acide nucléique cible dans un échantillon, le procédé comprenant : la fourniture d'une première sonde oligonucléotidique complémentaire d'une séquence cible de type sauvage, la première sonde oligonucléotidique comprenant une étiquette fluorescente liée à une base cytosine interne et ladite sonde oligonucléotidique n'ayant pas de terminaison d'extrémité 3 '; à amplifier une séquence d'acide nucléique cible dans l'échantillon pour fournir un acide nucléique amplifié par une amplification isotherme à médiation par boucle (LAMP) dans un récipient de réaction avec la première sonde oligonucléotidique et une seconde sonde ou un colorant intercalant et un oligo vierge, et à sonder la séquence d'acide nucléique amplifiée ; à détecter la présence du type sauvage cible et/ou d'une séquence d'acide nucléique mutante ; et d) à distinguer la présence de la séquence d'acide nucléique cible et/ou de type sauvage cible sur la base du marquage fluorescent. L'invention concerne également un kit de détection de polymorphismes nucléotidiques dans un acide nucléique cible dans un échantillon.