METHODS AND COMPOSITIONS TO DETECT CHEMICAL ADDUCTS ON OLIGONUCLEOTIDES

A reverse transcription (RT) assay to directly detect chemical adducts on RNA. A fluorescence quenching assay to detect RT polymerization was optimized and employed to detect N 1 -alkylation of inosine, an important post-transcriptional modification, using a phenylacrylamide as a model compound. The methods and composition may be expanded to identify novel reagents that form adducts with RNA, regardless of the primary sequence, and further explored to understand the relationship between RT processivity and natural post-transcriptional modifications in RNA. Un dosage de transcription inverse (RT) permet de détecter directement des produits d'addition chimiques sur l'ARN. Un essai d'extinction de fluorescence pour détecter la polymérisation de RT a été optimisé et utilisé pour détecter N 1-alkylation d'inosine, une modification post-transcriptionnelle importante, à l'aide d'un phénylacrylamide en tant que composé modèle. Les procédés et la composition peuvent être étendus pour identifier de nouveaux réactifs qui forment des adduits avec de l'ARN, indépendamment de la séquence primaire, et explorés en outre pour comprendre la relation entre la processivité RT et les modifications post-transcriptionnelles naturelles dans l'ARN.