REITERATIVE SHORT READ SEQUENCING INSIDE A CELLULAR SAMPLE

The present disclosure provides methods for conducting in situ multiplex and multi-omics detection and identification using coded padlocks probes. The methods comprise simultaneous use of RNA-specific padlock probes and polypeptide-specific padlock probes to detect both RNA and polypeptides in a cellular sample. Both types of probes include a barcode that unique identifies the RNA or polypeptide that that padlock probe detects. Both types of probes also include a batch-specific sequencing primer binding site to enable sequencing a desired subset of concatemer template molecules. Use of the batch-specific sequencing primers reduces overcrowding signals and images, to produces optical images that are intense and resolvable. By conducting multiple rounds of sequencing on the same cellular sample using different batch-specific sequencing primers enables multiplex and multi-omics sequencing to reveal numerous target RNAs and their encoded polypeptides. La présente divulgation concerne des procédés pour effectuer une détection et une identification multiplex et multi-omiques in situ à l'aide de sondes cadenas codées. Les procédés comprennent l'utilisation simultanée de sondes cadenas spécifiques à l'ARN et de sondes cadenas spécifiques à un polypeptide pour détecter à la fois l'ARN et les polypeptides dans un échantillon cellulaire. Les deux types de sondes comprennent un code-barres qui identifie de manière unique l'ARN ou le polypeptide que la sonde cadenas détecte. Les deux types de sondes comprennent également un site de liaison d'amorce de séquençage spécifique à un lot pour permettre le séquençage d'un sous-ensemble souhaité de molécules matricielles concatémériques. L'utilisation des amorces de séquençage spécifiques à un lot réduit la surcharge de signaux et d'images, afin de produire des images optiques qui sont intenses et qui peuvent être résolues. La réalisation de multiples cycles de séquençage sur le même échantillon cellulaire à l'aide de différentes amorces de séquençage spécifiques à un lot permet un séquençage multiplex et multi-omique dans le but de révéler de nombreux ARN cibles et leurs polypeptides codés.