DETECTION OF A GENOMIC SEQUENCE IN A MICROORGANISM GENOME BY WHOLE GENOME SEQUENCING

A method for detecting target genomic sequences at predetermined positions in a sequenced genome of a microbial organism in the form of reads. The method comprises computing a local sequencing depth of the genome in a neighborhood of the position of a target genomic sequence, said computing comprising the steps of a) detecting in the reads a set of digital genomic sequences from at least one reference genome of the microbial organism, b) generating of third set of digital genomic sequences comprising reads and digital genomic sequences of the second set belonging to the neighborhood c) counting the number of copies of each digital genomic sequences of the third set of digital genomic sequences, and d) computing the local sequencing depth as being equal to the maximum of the counted numbers of copies. L'invention concerne un procédé de détection de séquences génomiques cibles à des positions prédéterminées dans un génome séquencé d'un organisme microbien sous la forme de lectures. Le procédé comprend le calcul d'une profondeur de séquençage locale du génome dans un voisinage de la position d'une séquence génomique cible, ledit calcul comprenant les étapes consistant à a) détecter dans les lectures d'un ensemble de séquences génomiques numériques provenant d'au moins un génome de référence de l'organisme microbien, b) générer un troisième ensemble de séquences génomiques numériques comprenant des lectures et des séquences génomiques numériques du deuxième ensemble appartenant au voisinage, c) compter le nombre de copies de chaque séquence génomique numérique du troisième ensemble de séquences génomiques numériques, et d) calculer la profondeur de séquençage locale comme étant égale au maximum des nombres de copies comptés.