METHODS OF ENRICHING NUCLEIC ACIDS

Nucleotide sequences of interest, which may be as yet unknown sequences, comprised in a biological sample may often be present in diminishingly small amounts, meaning there are difficulties in detecting, sequencing and identifying these sequences. A method of enrichment of the sequences of interest prior to sequencing of a sample overcomes the problem. In such a method a library of nucleic acid guides is generated from a portion of the sample itself, and the guides are used with a guide-dependent endonuclease such as an Argonaute, usually a prokaryotic Argonaute (pAgo) in a reaction which cleaves the nucleic acids recognised by the guides in another portion of the same sample, but which spares the low abundance sequences for which no guides have been generated. In this way a sample enriched for rarer or low abundance sequences is provided and used in subsequent steps of detection of sequences present, including sequencing of the enriched sample. The method has wide range of application in scientific research of all kinds and forensics where is it necessary to detection and/or sequencing of these. Des séquences nucléotidiques d'intérêt, qui peuvent être telles que des séquences encore inconnues, comprises dans un échantillon biologique peuvent souvent être présentes en petites quantités, ce qui signifie qu'il existe des difficultés dans la détection, le séquençage et l'identification de ces séquences. Un procédé d'enrichissement des séquences d'intérêt avant le séquençage d'un échantillon surmonte le problème. Dans un tel procédé, une banque de guides d'acides nucléiques est générée à partir d'une partie de l'échantillon lui-même, et les guides sont utilisés avec une endonucléase dépendante des guides telle qu'un Argonaute, généralement un Argonaute procaryote (pAgo) dans une réaction qui clive les acides nucléiques reconnus par les guides dans une autre partie du même échantillon, mais qui épargne les séquences de faible abondance pour lesquelles aucun guide n'a été généré. De cette manière, un échantillon enrichi en séquences plus rares ou de faible abondance est présenté et utilisé dans les étapes ultérieures de détection des séquences présentes, y compris le séquençage de l'échantillon enrichi. Le procédé présente un large éventail d'applications dans la recherche scientifique de toutes sortes et dans la médecine légale où il est nécessaire de détecter et/ou de séquencer ces derniers.