DETECTING CROSS-CONTAMINATION IN CELL-FREE RNA

The present disclosure relates to an improved method for analyzing sequencing data to detect cross-sample contamination in a test sample. Determining cross-contamination in a test sample can be informative for determining that the test sample will be less likely to correctly identify the presence of cancer in the subject. Pre-determined single nucleotide polymorphisms selected from: an allele present in a select database or a genotyping SNP associated with a sample type are used to identify. A sample is determined to be contaminated using the determined contamination probabilities of the one or more pre- determined SNPs. La présente invention concerne un procédé amélioré d'analyse de données de séquençage pour détecter une contamination d'échantillon croisée dans un échantillon d'essai. La détermination de la contamination croisée dans un échantillon d'essai peut être informative pour déterminer que l'échantillon d'essai sera moins susceptible d'identifier correctement la présence d'un cancer chez le sujet. Des polymorphismes nucléotidiques simples prédéterminés choisis parmi : un allèle présent dans une base de données sélectionnée ou un SNP de génotypage associé à un type d'échantillon sont utilisés pour l'identification. Un échantillon est déterminé comme étant contaminé à l'aide des probabilités de contamination déterminées pour un ou plusieurs SNP prédéterminés.