CONVOLUTIONAL CODES FOR THE DETECTION OF INSERTION AND DELETION ERRORS IN STORAGE

This disclosure describes systems and methods for detecting multiple insertion and deletion errors in the presence of substitution errors in a signal (such as a sequenced DNA string). A convolutional code that includes two or more component convolutional codes is used for encoding. Each of the two or more component convolutional codes generates only a subset of all possible outputs of the convolutional code. The subsets of the two or more component convolutional codes are disjoint from each other. Only one of the two or more convolutional codes is active at any given time. The two or more convolutional codes together define a super code. The two or more convolutional codes are time interlaced within the super code, and the super code defines the convolutional code. A trellis that includes two or more component trellises designed based on the two or more component convolutional codes is used for decoding. La présente invention concerne des systèmes et des procédés pour détecter de multiples erreurs d'insertion et de suppression en présence d'erreurs de substitution dans un signal (tel qu'une chaîne ADN séquencée). Un code de convolution qui comprend au moins deux codes de convolution de composant est utilisé pour le codage. Chacun des deux codes de convolution de composant ou plus génère uniquement un sous-ensemble de tous les résultats possibles du code de convolution. Les sous-ensembles des deux codes de convolution de composant ou plus sont disjoints les uns des autres. Seul l'un des deux codes de convolution ou plus est actif à n'importe quel moment donné. Les deux codes de convolution ou plus définissent ensemble un super code. Les deux codes de convolution ou plus sont entrelacés dans le temps à l'intérieur du super-code et le super-code définit le code de convolution. Un treillis qui comprend au moins deux treillis de composant conçus sur la base des deux codes de convolution de composant ou plus est utilisé pour le décodage.