PREDICTING PROTEIN STRUCTURES USING PROTEIN GRAPHS

Methods, systems, and apparatus, including computer programs encoded on a computer storage medium, for determining a predicted structure of a protein. According to one aspect, there is provided a method comprising: maintaining graph data representing a graph of the protein; obtaining a respective pair embedding for each edge in the graph; processing the pair embeddings using a sequence of update blocks, wherein each update block performs operations comprising, for each edge in the graph: generating a respective representation of each of a plurality of cycles in the graph that include the edge by, for each cycle, processing embeddings for edges in the cycle in accordance with the values of the update block parameters of the update block to generate the representation of the cycle; and updating the pair embedding for the edge using the representations of the cycles in the graph that include the edge. L'invention concerne des procédés, des systèmes et un appareil, y compris des programmes informatiques codés sur un support d'enregistrement informatique, permettant de déterminer une structure prédite d'une protéine. Selon un aspect, l'invention concerne un procédé consistant à : maintenir des données de graphe représentant un graphe de la protéine; obtenir une paire respective d'incorporations de chaque bord dans le graphe; traiter les incorporations de paire à l'aide d'une séquence de blocs de mise à jour, chaque bloc de mise à jour effectuant des opérations consistant, pour chaque bord du graphe, à : générer une représentation respective de chaque cycle d'une pluralité de cycles du graphe qui comprennent le bord par, pour chaque cycle, un traitement d'incorporations de bords dans le cycle conformément aux valeurs des paramètres de bloc de mise à jour du bloc de mise à jour pour générer la représentation du cycle; et mettre à jour l'incorporation de paire du bord à l'aide des représentations des cycles du graphe qui comprennent le bord.